Schon im 5. Jahrhundert stand außerhalb der Mauern, die Konstantin der Große im 4. Jahrhundert um seine neue Hauptstadt errichtet hatte, eine Kirche, die Chora hieß, was „Land, Umland“ bedeutet. Als Theodosius II. die Verteidigungsmauer, die so genannte Theodosianische Landmauer, weiter nach Westen verlegte, blieb der Name bestehen, obwohl der Gebäudekomplex nun in das eigentliche Stadtgebiet einbezogen wurde. Die Bezeichnung hat auch symbolische Bedeutung gewonnen, seit Inschriften in der Kirche Christus als „Land der Lebenden“ und Maria als „Land des Unendlichen“ bezeichnen.

1077 bis 1081 stiftete Marija von Bulgarien, die Schwiegermutter Kaiser Alexios I., die Kirche, bei der es sich wahrscheinlich um eine Vier-Säulen-Kirche, eine damals sehr beliebte Bauform, handelte. Nach einem partiellen Einsturz im frühen 12. Jahrhundert wurde die Kirche vom Enkel der Gründerin, Isaak Komnenos, dem dritten Sohn Alexios I. grundlegend erneuert und aufwendig umgestaltet. Doch erst in der dritten Bauphase zwei Jahrhunderte später entstand die Chora-Kirche, wie wir sie heute kennen. Theodoros Metochites, der Kanzler und erste Schatzmeister unter Andronikos II. Palaiologos, ließ in den Jahren 1315 bis 1321 die in Verfall begriffene Kirche von Grund auf restaurieren und mit umfangreichen Bilderzyklen ausschmücken. Die Mosaiken sind das bedeutendste Beispiel für die Renaissance der Palaiologen.

Etwa ein halbes Jahrhundert nach der Eroberung Konstantinopels durch die Osmanen wurde die Chora-Kirche, die bis dahin dem christlichen Ritus gedient hatte, von Atık Ali Paşa, dem Großwesir Bāyezīds II., in eine Moschee umgewandelt und in Kariye Camii umbenannt. Die Mosaiken kamen wegen des Bilderverbots im Islam unter Putz oder wurden übertüncht. Andere brachen bei den häufigen Erdbeben von den Wänden.

Seit 1948 organisierten Thomas Whittemore und Paul A. Underwood ein zunächst vom Byzantine Institute of America und später dem Dumbarton Oaks Center für byzantinische Studien gesponsertes Restaurierungsprogramm. Rund um die Kariye-Moschee hat der türkische Automobilklub TTOK einen ganzen Komplex von Holzhäusern aus osmanischer Zeit renoviert.

Nachdem das Oberste Gericht der Türkei im November 2019 dem Antrag zur erneuten Umwandlung in eine Moschee stattgab, folgte auf ein im August 2020 erlassenes Dekret von Recep Tayyip Erdoğan die Nutzung als islamisches Gotteshaus.[1]

Im Februar 2024 plant die Türkei, die Chora-Kirche nach der Hagia Sophia auch in eine Moschee umzuwandeln. Die Entscheidung von Präsident Recep Tayyip Erdoğan stößt auf internationale Kritik. Die Chora-Kirche, ein Symbol der griechisch-orthodoxen Geschichte, wurde 2020 für diesen Zweck ausgewählt. Trotz Bedenken wird die Umwandlung vorangetrieben.[2]