Die Caiquetíos, ein Stamm der Arawak, waren die ersten Siedler auf Bonaire. Sie gaben der Insel den Namen Bonay („tiefes Land“). Erste Europäer landeten 1499 unter Alonso de Ojeda und Amerigo Vespucci auf den ABC-Inseln und nahmen sie für Spanien unter dem Namen islas inútiles („nutzlose Inseln“) in Besitz, da sie auf den Inseln nichts Verwertbares fanden und die Insel sich nicht für Landwirtschaft eignete. Sie nannten Bonaire auch islas de los gigantes („Inseln der Riesen“), denn die Bewohner waren im Schnitt einen Kopf größer als die Eroberer. Zwischen 1513 und 1515 wurden alle Indigenen als Sklaven nach Hispaniola verschleppt und Bonaire blieb entvölkert und menschenleer zurück.

1526 wurden einige der überlebenden Ureinwohner zurückgebracht, wo sie für die Viehzucht eingesetzt wurden. Sie wurden freigelassen, da sie so weniger kosteten. Das Vieh war von den Spaniern ausgesetzt worden und wurde ab und zu zusammengetrieben und „ausgedünnt“. In erster Linie diente dies der Lederproduktion, in geringerem Umfang der Gewinnung von Fleisch, aus dem mit Hilfe des Salzes aus den natürlichen Salinen auf der Südhälfte der Insel Pökelfleisch gemacht wurde.

Erst später wurde das Salz selbst in großem Maßstab gewonnen, denn es fehlten anfangs Arbeitskräfte. Eine Besiedlung durch Europäer wurde von Spanien nicht gefördert, weil das Land keinen ausreichenden Schutz gegen Piraten bieten konnte.

Die älteste europäische Siedlung auf der Insel heißt Rincón („Winkel“) und liegt im kühleren Norden vom Meer aus sichtgeschützt zwischen den Hügeln, wo schon Caiquetios lebten. Diese Gemeinschaft bestand hauptsächlich aus Verurteilten und Kriegsgefangenen. Später verlagerte sich der Schwerpunkt weiter nach Süden, aber immer noch in der Nordhälfte und in gebührendem Abstand des gefährlichen Meeres. Das Dorf Al Interior („Im Landesinneren“) wurde von Spaniern gegründet, die von niederländischen Piraten auf Bonaire ausgesetzt worden waren. Der heutige Name ist Antriol.

1633 nahmen die Holländer die Insel erstmals in Besitz. Sie brauchten die ABC-Inseln nicht nur wegen ihrer strategischen Lage, sondern besonders Bonaire wegen vorhandener, aber kaum ausgebauter Salinen. Das Salz wurde in Holland für die Konservierung von Lebensmitteln gebraucht und in zunehmendem Maße für die Industrie, besonders für Keramik (Delft) und Glas (Leerdam).

Nachdem Spanien seinen Salzlieferanten Portugal 1580 eingegliedert hatte, bezogen die Holländer ihr Salz zunächst aus Punto de Arraya an der venezolanischen Küste. Nachdem 1621 hier die Spanier durch den Bau einer Festung („Fort Kostverloren“) das Geschäft verdorben hatten, besetzten sie die ABC-Inseln. Sie bauten als erstes die Salinen aus. Die Arbeitssklaven wurden aus Afrika importiert. Spanier führten die Plantagenwirtschaft ein und fällten Färbeholz (Brasilholz,[1] wiss. Paubrasilia echinata). Ein extrem hartes Holz für Holzzahnräder (Windmühlen), Ruderpinnen und medizinische Zwecke (Wayacá, span. Guaiacó, wiss. Guaiacum officinale). Durch Raubbau wurde dieses auf Bonaire fast ausgerottet.

Während der Französischen Revolution übernahmen die Engländer Bonaire (die Niederlande war mit Frankreich verbündet). Nach der Niederlage Napoleons wurde es im Vertrag von Paris 1816 endgültig den Niederlanden zugesprochen.

Im Königreich der Niederlande gibt es seit 1954 das Statuut voor het Koninkrijk der Nederlanden. Die karibische Kolonie, darunter Bonaire, wurde als Niederländische Antillen ein autonomes Land. Bonaire bildete innerhalb dieser Struktur ein eilandgebied („Inselgebiet“).