Die Stadt Hamburg kaufte sukzessive die Alster mit jeglichen Rechten, Freiheiten, Nutzungen und Eigentum: Im ersten Schritt verkaufte Graf Adolf V von Holstein-Segeberg ein Viertel des Flusses für 250 Mark. Ein weiteres Viertel wurde am 22. Februar 1309 von Graf Johann II. von Holstein-Kiel für 200 Mark verkauft.[1] Am 1. Januar 1310 verkaufte Graf Adolf VI. von Holstein der Stadt Hamburg die restliche halbe Alster für 600 Mark-Pfennige und behielt sich auf 36 Jahre das Rückkaufsrecht vor.[2]

Mit Dänemark gab es jahrhundertelang Streit, da die Alte Alster nach dem misslungenen Bau des Alster-Beste-Kanal versiegt war und der neue Quellfluss die Henstedter Alster wurde. An diesem Alsterzufluss hatte die Stadt Hamburg aber nie Rechte erworben. Erst 1768 hatte Hamburg wieder die Rechte an der gesamten Alster.[3]

Die besonderen Rechte der Stadt Hamburg an der Alster außerhalb des Stadtgebietes endeten am 1. April 1937[4]

Die Alster war früher bis nach Stegen (Alster-Kilometer 16,5), einem heutigen Ortsteil der Gemeinde Bargfeld-Stegen in Schleswig-Holstein, schiffbar. Dort bestand für die Jahre 1529 bis 1550 eine Verbindung zum Alster-Beste-Kanal. Bis in die 1970er Jahre war die Alster ein wichtiger Verkehrsweg für den Gütertransport innerhalb Hamburgs und in die nördlichen Vororte. Die Güter wurden aus dem Hafengebiet mit Schuten über die Fleete zur Binnen- und Außenalster transportiert. Auch für den öffentlichen Personennahverkehr hatte die Alster mit ihren Kanälen (so der Osterbekkanal) erhebliche Bedeutung. Bis 1984 fuhren die Alsterschiffe auch als reguläre öffentliche Verkehrsmittel im Linienverkehr des Hamburger Verkehrsverbundes (HVV) nördlich des Jungfernstiegs auf Alster und Osterbek. Heute fahren die Alsterschiffe vor allem Rundtouren. Im Sommerhalbjahr verkehrt aber auch die Museumslinie zum Museum der Arbeit in Barmbek-Nord. Das älteste noch erhaltene Alsterschiff ist der Dampfer St. Georg. Vor dem Zweiten Weltkrieg gab es Schiffslinien bis Ohlsdorf und zum Stadtparksee in Winterhude.

Obwohl die Alster intensiv für den Verkehr genutzt wurde, gab es früher am Ufer Schwimmbäder. In den 1920er/1930er Jahren bestand eine große Badeanstalt am Schwanenwik.

Im Zweiten Weltkrieg erhielt die Binnenalster eine Tarnabdeckung. Die fast vollständig aus Holz gebaute Innenstadtkulisse sollte anfliegenden Bomberverbänden die Orientierung erschweren. In der Außenalster befanden sich dazu eine „falsche“ Lombardsbrücke und eine Flakstellung.[5]