Das Gebiet der späteren Agora von Athen wurde wahrscheinlich bereits seit der Jungsteinzeit bewohnt. Den ältesten Beleg für Siedlungen auf der Agora gibt Keramik, die in der Nähe von Brunnen geborgen wurde. Sie wird auf rund 3000 v. Chr. datiert. Allerdings wurden keine Siedlungsspuren aus dieser Zeit gefunden. Von der späten Bronzezeit an (1600–1100 v. Chr.) bis ins 7. Jahrhundert v. Chr. wurde die Agora als Friedhof benutzt. Man fand etliche Gräber aus dieser Zeit.[1]

Ab etwa 1000 v. Chr. wurde das Gebiet der Agora auch als Wohnstätte benutzt. Zwar lassen sich keine Reste der damaligen Häuser finden, da dieses Gebiet später als Steinbruch verwendet wurde, aber es finden sich etliche Brunnenschächte aus dieser Zeit. Gegen Ende des 8. Jahrhunderts v. Chr. wurden viele dieser Brunnen zugeschüttet, was auf einen drastischen Bevölkerungsrückgang hindeutet.[2]

Gegen 600 v. Chr. begann man, die Agora als öffentlichen Platz auszubauen. Erst um 500 v. Chr. wurde die Agora auch formalrechtlich durch Grenzsteine (so genannte Horoi – griechisch ὅροι) abgegrenzt. Die Horoi, die an den Eingängen der Agora aufgestellt wurden, trugen den Schriftzug „ὅρος εἰμι τῆς ἀγορᾶς“ (horos eimi tes agoras, „Ich bin die Grenze der Agora“). Durch die Aufstellung der Grenzsteine sollte ein wildes Bauen auf der Agora verhindert werden. Verbrechern, Kriegsdienstverweigerern und anderen Leuten, die auf der Agora nicht erwünscht waren, wurde der Zutritt zur Agora verboten.

Im Jahr 480 v. Chr. eroberten die Perser Athen und zerstörten dabei die Stadt und die Agora zu einem großen Teil. Ironischerweise sind uns erst durch diese Zerstörung und den anschließenden Wiederaufbau viele Gebäude (als Ruine) erhalten geblieben. Nach der Zerstörung der Agora durch die Perser begann man mit dem Wiederaufbau. Daher entstanden zu dieser Zeit auch viele neue Gebäude. Bald schon brachen schwierige Zeiten für Athen an; vor allem die Bürgerkriege verhinderten einen weiteren Ausbau der Agora.

Im 2. Jahrhundert v. Chr. wurde Athen immer mehr zum geistigen Mittelpunkt der mediterranen Welt. Herrscher verschiedener Länder (beispielsweise aus Ägypten, Syrien, Pergamon) begannen, ihre Macht und Kultur zu demonstrieren, indem sie in Athen Gebäude bauen ließen. Dadurch nahm die Bautätigkeit auf der Agora enorm zu. Zu dieser Zeit wurden die großen, imposanten Stoen erbaut. Erst in der zweiten Hälfte des 2. Jahrhunderts war die Agora vollständig von Gebäuden umbaut. Auf allen Seiten war der Besucher der Agora nun von Gebäuden umgeben, die mit Säulenfronten geschmückt waren.

Im Jahre 146 v. Chr. besiegte der römische General Lucius Mummius den Achäischen Bund und Griechenland wurde zur römischen Provinz erklärt. Anfang des 1. Jahrhunderts v. Chr. stellte sich Athen gegen Rom, was zu einer Belagerung der Stadt im Jahre 86 v. Chr. führte, bei der unter anderem der südliche Teil der Agora in Mitleidenschaft gezogen wurde. Bereits gegen Mitte des Jahrhunderts zeigten die Römer ein größeres Interesse an Athen. Dies führte erneut zu erhöhter Bautätigkeit. So wurde rund 150 Meter östlich der Agora ein neuer Marktplatz, die Römische Agora, angelegt, der der Agora diese Funktion weitgehend nahm. Der freie Platz auf der Agora war nun nicht mehr nötig und wurde zugebaut.

Auf die Regentschaft Augustus’ folgte ein Jahrhundert geringer Bautätigkeit, bis Trajan (98–117) und Hadrian (117–138) während ihrer Zeit als Kaiser des Römischen Reiches eine letzte Blütezeit für die Agora einleiteten. Nachdem die Heruler im Jahre 267 Athen stürmten und dabei die meisten Gebäude der Agora zerstörten, wurde die Agora nie wieder zu dem bedeutenden Zentrum, das sie in den vorherigen Jahrhunderten gewesen war. Das 4. Jahrhundert bedeutete den endgültigen Niedergang der Agora; sie wurde weitgehend aufgegeben.