En el context de la invasió romana de la península Ibèrica, la villa seria propietat de Lluci Cecili (en llatí: LVCIVS CÆCILIVS), un ric ciutadà romà, comerciant d'estany (metall abundant a la península Ibèrica), que l'hauria construït a mitjan segle I. D'acord amb els testimoniatges arqueològics, fou destruïda a mitjan segle III per un gran incendi, i reconstruïda més tard.

En l'època medieval, damunt les seues restes s'edificà una capella sota la invocació de sant Corneli, que les llegendes associen a l'indret, però va caure en ruïnes i desaparegué per complet al segle xviii.

És possible que en el període medieval l'estructura de Centum Cellas tingués algun paper en la consolidació i defensa de la frontera oriental del Regne de Portugal amb el de Lleó (queda en la mateixa línia de defensa que Egitania i Guarda, fundada al 1199), i rebé dret foral de Sancho I de Portugal el 1188, anomenada llavors Centuncelli. Així ho entén Pinho Leal en referir que, en el pas del segle XIII al XIV, la torre hauria estat reconstruïda per fer de talaia, mentre els altres annexos queien en ruïnes (Portugal antic i modern) – tesi actualment considerada improbable. El 1198 la seu del municipi fou transferida a la veïna població de Belmonte, i Centum Cellas, a partir de llavors, va patir un lent procés de declivi.

Es troba classificada com a Monument Nacional pel Decret núm. 14 425, de 15 d'octubre de 1927, publicat en el Diari del Govern núm. 136.