El monjo Enni (1202 - 1280), també conegut pel seu nom pòstum Shoichi Kokushi (聖一国師), portarà del seu aprenentatge a la Xina al costat del monjo Wuzhun Shifan (en japonès: Bujun Shiban, 1177 - 1249), entre 1235 i 1241, una forma derivada del Rinzai, la branca Shoichi, de la qual el Tōfuku-ji en serà la seu. Hi portarà igualment un retrat del seu mestre, ofert per aquest darrer en la seva estada a la Xina i que encara s'hi conserva. És un dels més antics retrats chan xinesos al Japó i va ser un model fidelment imitat.

El Tōfuku-ji va ser nombroses vegades destruït, sobretot el 1319, el 1334 i el 1881. Va ser parcialment reconstruït el 1347, després dels incendis de 1319 i de 1334; un cert nombre de dirigents polítics (Fujiwara, Ashikaga, Toyotomi Hideyoshi, Tokugawa Ieyasu…) hi van fer construir nous edificis.

L'escola de pintura Kanō-ha (狩野派) ha treballat també al Tōfuku-ji. Kano Takanobu (1571 - 1618) hi completa, a petició de l'emperador Go-Yozei, la sèrie de les cinquanta pintures que representen els cinc-cents rakan, començada per Mincho.