El Kiyomizu-dera va ser fundat al començament del període Heian.[1] El temple data de l'any 778, encara que els edificis actuals van ser construïts el 1633. El temple pren el nom de les cascades que existeixen en el complex, les quals baixen dels pujols propers. Kiyomizu (清水) literalment significa 'aigua pura' o 'aigua clara'.[2]

Originàriament estava afiliat a l'antiga i influent secta Hossō, que procedia dels temps del període Nara.[3] No obstant això, el 1965 es va trencar aquesta afiliació i els seus custodis actuals es denominen a si mateixos membres de la secta «Kitahossō».[4]