Després de la mort de l'emperador en 1912, la Dieta del Japó va aprovar una resolució per a commemorar el seu paper en la Restauració Meiji Un camp de lliris en una zona de Tòquio que l'Emperador Meiji i la Emperatiz Shōken tenien el costum de visitar va ser escollida com a emplaçament final.

La construcció va començar en 1915, el temple va ser construït en l'estil tradicional Nagarezukuri i fet principalment amb xiprer i coure japonesos. Va ser consagrat oficialment en 1920 i finalitzat en 1921.[1] Fins a 1946, el Santuari Meiji va ser oficialment nomenat com un dels Kanpei-taisha (官幣大社), que significava que ocupava el primer rang de santuaris amb suport del govern.[2]

L'edifici original va ser destruït durant el bombardeig de Tòquio en la Segona Guerra Mundial. L'actual representació del santuari va ser realitzada mitjançant aportacions de diners públics i va ser completada a l'octubre de 1958.[3]