Si volem donar crèdit al contingut dels goigs a llaor de la Santa, l'origen del seu culte fou la troballa de la seva imatge al mateix cràter del volcà.[1] La primera notícia històrica de Santa Margarida de la Cot data de 1403 quan Bernat de Ça Terrada, el 16 de maig de dit any, fa testament deixant 10 sous a favor de l'obra de la capella de Santa Margarida. Cal dir que aquestes no eren les obres de construcció del temple, que segurament data de finals del segle xii, sinó que es devia referir a una altra mena d'obres. Al segle xix la capella fou quasi bastida de nou. Segons Monsalvatje, sembla que la imatge de la Santa, tallada amb alabastre, fou salvada del cataclisme produït pels moviments sísmics, de manera que, abans de la contesa civil de 1936, encara hom la podia contemplar a la capella. Salvada també de la destrucció de la guerra civil, se'n feu una reproducció per tal de venerar-la a la capella, i l'autèntica està dipositada al Museu Diocesà de Girona.[2]