L'origen de la ciutat va ser el castell de Besalú que ja es troba documentat en el segle x, construït damunt d'un turó on hi ha les restes de l'església de Santa Maria, en l'alta edat mitjana. El traçat actual de la vila no respon fidelment al seu estat original, però sí que possibilita a grans trets la lectura de la urbanització de l'edat mitjana amb l'existència d'importants edificis: el pont, els banys jueus, l'església del Monestir de Sant Pere de Besalú i Sant Julià, antic hospital de pelegrins, la casa Cornellà, l'església de Sant Vicenç i la Sala gòtica del Palau de la Cúria reial. Besalú deixa veure una estructura arquitectònica i urbanística bastant coherents amb el passat medieval. La importància monumental de Besalú ve donada fonamentalment pel seu gran valor de conjunt, per la seva unitat, que la determina com una de les mostres més rellevants i singulars dels conjunts medievals de Catalunya.

 Besalú des del pont romànic el 1898

El "pagus Bisuldunensis", que primer formà part del comtat de Girona des que aquesta ciutat fou ocupada pels francs el 785, esdevingué comtat independent el segle x, categoria que perdurà fins a l'any 1111, en què el comtat de Besalú s'incorporà al de Barcelona.[1] Besalú va començar a adquirir importància com a capital de comtat independent després de la mort de Guifré el Pilós (897), condició que va perdre en morir Bernat III –gendre de Ramon Berenguer III– sense fills; com a conseqüència, el comtat de Besalú passà a la casa de Barcelona.[2] El segle X són documentats a Besalú la parròquia de Sant Vicenç, la canònica de Sant Miquel (que el segle xi es titulà de Santa Maria), el monestir benedictí de Sant Pere i el castell de Besalú, l'origen dels quals, però, podria ser més remot.[1] Del 1017 al 1020 existí un efímer bisbat de Besalú, sorgit gràcies a l'empenta del comte Bernat Tallaferro, a la mort del qual, tanmateix, desaparegué.[1]

Durant la Croada contra la Corona d'Aragó, veient-se forçat a retirar-se de l'Empordà, i desconfiant del Coll de Panissars Felip III de França va intentar prendre la ruta de Besalú, enviant una avançada de 2.000 cavallers i 400 servents per prendre la ciutat[3] on creien que es trobava Pere el Gran. Després d'un primer assalt croat, Asbert de Mediona, el governador de la ciutat feu obrir la porta Aquaria[4] per a fer entrar seixanta cavallers que foren capturats. Tot seguit sortí al capdavant de la guarnició que va derrotar els assetjants i els obligà a retirar-se.

Durant la Guerra dels armanyaguesos, el 1390, fou atacada per les companyies mercenàries de Joan III d'Armanyac i defensada per Bernat IV de Cabrera. La vitalitat de Besalú des de l'alta edat mitjana fins a l'Època Moderna ha determinat un teixit urbà complex, format per un seguit d'edificacions tradicionals i cultes que responen a processos històrics de construcció, enderrocaments, ampliacions i substitucions, de manera que ben sovint és difícil datar els edificis i determinar-ne l'època i la tipologia.[1]