El temple de Prambanan és el temple hindú més gran de l'antiga Java, i el primer edifici es va acabar a mitjan segle ix. Probablement, va ser iniciat per Rakai Pikatan i inaugurat pel seu successor el rei Lokapala. Alguns historiadors que s'adhereixen a la teoria de la dinastia dual del Regne de Mataram suggereixen que la construcció de Prambanan probablement va ser pensada com la resposta de la dinastia Sanjaya hindú als temples propers de Borobudur i Sewu de la dinastia budista Sailendra. El que significa marcar el retorn de la dinastia hindú Sanjaya al poder a Java central després de gairebé un segle de dominació budista de la dinastia Sailendra. No obstant això, la construcció d'aquest enorme temple hindú va significar un canvi del patrocini de la cort de Mataram; del Budisme mahayana al Hinduisme xivaista.

Un temple va ser construït per primera vegada al lloc al voltant de l'any 850 dC per Rakai Pikatan i ampliat extensament per Rei Lokapala i Balitung Maha Sambu el rei Sanjaya del Regne de Mataram. Es va trobar una breu escriptura de pintura vermella amb el nom «pikatan» en un dels remats de la part superior de la balustrada del temple de Viva, la qual cosa confirma que el rei Pikatan va ser el responsable de l'inici de la construcció del temple.[1]:22

El complex del temple està relacionat amb la inscripció Vivagrha de l'any 856 dC, emesa pel rei Lokapala, que descrivia un temple de Xiva que s'assembla a Prambanan. Segons aquesta inscripció, el temple de Xiva es va inaugurar el 12 de novembre de 856.[1]:20 També segons aquesta inscripció, el temple va ser construït per honrar el Senyor Xiva, i el seu nom original era Xiva-grha (la Casa de Xiva) o Xiva-laya (el Regne de Xiva).[2]

Segons la inscripció de Xivagrha, durant la construcció del temple es va dur a terme un projecte d'aigua pública per canviar el curs d'un riu prop del temple de Xivagrha. El riu, identificat com el Riu Opak, ara corre de nord a sud pel costat occidental del recinte del temple de Prambanan. Els historiadors suggereixen que originalment el riu estava corbat més a l'est i es considerava massa a prop del temple principal. Els experts suggereixen que el desplaçament del riu pretenia protegir el complex del temple del desbordament de materials volcànics lahar del volcà Merapi.[3] El projecte es va fer tallant el riu al llarg d'un eix de nord a sud al llarg de la paret exterior del recinte del temple de Xivagrha. L'antic curs del riu es va omplir i anivellar per crear un espai més ampli per a l'ampliació del temple, l'espai per a fileres de temples pervara (complementaris).

Alguns arqueòlegs proposen que l'estàtua de Viva a la garbhagriha (cambra central) del temple principal va ser modelada a partir del Rei Balitung, servint com a representació del seu jo divinitzat després de la mort.[4] El complex del temple va ser ampliat pels successius reis de Mataram, com Daksa i Tulodong, amb l'addició de centenars de temples perwara al voltant del temple principal.

Amb la torre principal «prasada» que s'eleva fins a 47 metres d'alçada, un vast complex de temples emmurallat que consta de 240 estructures, el temple Xivagrha Trimurti era el més alt i el més grandiós de la seva època.[5] De fet, el complex de temples és el temple hindú més gran de l'antiga Java, sense que cap altre temple javanès hagi superat la seva escala. Prambanan va servir com a temple reial del Regne de Mataram, on s'hi feien la majoria de cerimònies i sacrificis religiosos de l'estat. A l'altura del regne, els estudiosos estimen que centenars de brahmans amb els seus deixebles vivien dins de la paret exterior del recinte del temple. El centre urbà i la cort de Mataram estaven situats a prop, en algun lloc de la plana de Kewu.

Després de ser utilitzats i ampliats durant uns 80 anys, els temples van ser misteriosament abandonats cap a mitjan segle x. A la dècada de 930, la cort javanesa va ser traslladada a Java oriental per Mpu Sindok, que va establir la dinastia Isyana. No està clar, però, la veritable raó darrere de l'abandonament del regne de Java Central per part d'aquest Regne javanès de Mataram. Una erupció devastadora del volcà Merapi, situat a uns 25 quilòmetres al nord de Prambanan a Java central, o una lluita pel poder probablement van causar el canvi. Aquell fet va marcar l'inici de la decadència del temple, ja que aviat va ser abandonat i va començar a deteriorar-se.

Els temples es van esfondrar durant un gran terratrèmol al segle xvi. Tot i que el temple havia deixat de ser un important centre de culte, les ruïnes escampades per la zona encara eren reconeixibles i conegudes per la gent javanesa local en èpoques posteriors. Les estàtues i les ruïnes es van convertir en el tema i la inspiració del Rara Jonggrang.

Els javanesos dels pobles dels voltants sabien de les ruïnes del temple abans del redescobriment formal, però no sabien sobre els seus antecedents històrics: quins regnes governaven o quin rei va encarregar la construcció dels monuments. Com a resultat, els locals van desenvolupar contes i llegendes per explicar l'origen dels temples, impregnats de mites de gegants, i d'una princesa maleïda. Van donar a Prambanan i a Sewu un origen meravellós; a la llegenda de Rara Jonggrang es deia que aquests havien estat creats per una multitud de dimonis sota l'ordre de Bandung Bondowoso.

El 1733, Cornelis Antonie Lons, un empleat de la VOC, va proporcionar un primer informe sobre el temple de Prambanan al seu diari. Lons estava escortant Julius Frederick Coyett, un comissari de la VOC de la costa nord-est de Java, a Kartasura, llavors la capital del Mataram, un poderós regne javanès local. Durant la seva estada a Java central, va tenir l'oportunitat de visitar les ruïnes del temple de Prambanan, que va descriure com «temples brahmans» que s'assemblaven a una muntanya de pedres.[1]:17

Després de la divisió del Sultanat de Mataram el 1755, les ruïnes del temple i el riu Opak es van utilitzar per demarcar el límit entre els sultanats de Yogyakarta i Surakarta, que es va adoptar com a frontera actual entre Yogyakarta i la província de Java Central.

El temple va atraure l'atenció internacional a principis del segle xix. El 1803, Nicolaus Engelhard, el governador de la costa nord-est de Java, va fer una parada a Prambanan durant les seves visites oficials als reis de Java; Pakubuwana IV de Surakarta i Hamengkubuwana II de Yogyakarta. Impressionat per les ruïnes del temple, l'any 1805 Engelhard va encarregar a H.C. Cornelius, un enginyer estacionat a Klaten, netejar el lloc de la terra i la vegetació, mesurant la zona i fer dibuixos del temple. Aquest va ser el primer esforç per estudiar i restaurar el temple de Prambanan.[1]:17

El 1811, durant la curta ocupació britànica de les Índies Orientals Holandeses, Colin Mackenzie, un agrimensor al servei de Sir Thomas Stamford Raffles, va trobar els temples per casualitat. Tot i que Sir Thomas va encarregar posteriorment un informe complet de les ruïnes, van romandre desateses durant dècades. Els residents holandesos es van emportar escultures com a ornaments de jardí i els vilatans nadius van utilitzar les primeres pedres com a material de construcció. Les excavacions a mitges dels arqueòlegs a la dècada de 1880 van facilitar negativament el saqueig, ja que moltes escultures del temple van ser emportades com a col·leccions.

El 1918, el govern colonial holandès va començar la reconstrucció del recinte i la restauració adequada només va començar el 1930. A causa de l'escala massiva i el gran nombre de temples, els esforços de restauració encara continuen avui en dia. Cap a la dècada de 1930, el projecte de reconstrucció del Servei Arqueològic de les Índies Orientals Holandeses va restaurar amb èxit dos temples Apit al pati central i dos temples més petits de Perwara. La reconstrucció va utilitzar el mètode de l'anastilosi, en què es restaura un temple en ruïnes utilitzant els blocs de pedra originals en la mesura del possible.

Els esforços de restauració es van veure obstaculitzats per la crisi econòmica de la dècada de 1930, i finalment van cessar del tot a causa de l'esclat de la Guerra del Pacífic (1942-1945) a la Segona Guerra Mundial, i la següent Revolució Nacional Indonèsia (1945-1949). Després de les guerres, la reconstrucció del temple es va reprendre l'any 1949, malgrat que molts dibuixos tècnics i fotografies s'havien fet malbé o s'havien perdut durant la guerra. La reconstrucció del temple principal de Xiva es va completar el 1953 i va ser inaugurada pel primer president d'Indonèsia Sukarno.

El govern indonesi va continuar l'esforç de reconstrucció per completar el recinte del temple. El temple de Brahma es va reconstruir entre 1978 i 1987. Mentre que el temple de Vixnu es va reconstruir entre 1982 i 1991.[1]:28 Els temples Vahana de les files orientals i alguns santuaris més petits es van completar entre 1991 i 1993. Així, el 1993, es van aixecar i completar tots els grans temples principals de la zona central de Prambanan, inaugurats simultàniament pel president Suharto juntament amb la inauguració del proper temple central compost de Sewu.[6]

Com que gran part de la pedra original ha estat robada i reutilitzada en llocs de construcció remots, la restauració es va veure obstaculitzada considerablement. Donada l'escala del complex del temple, el govern va decidir reconstruir els santuaris només si almenys el 75% de la seva maçoneria original estava disponible, d'acord amb la disciplina de l'anastilosi. La reconstrucció continua fins avui, amb els esforços centrats ara en els temples de Perwara del recinte exterior. L'última reconstrucció va ser un temple de Perwara de la segona fila del costat est número 35, que es va completar el desembre de 2017.[7]