Quan hi arribaren les primeres expedicions portugueses, la contrada era poblada pels indis guaianes, que aviat foren objecte d'apresaments per a fer-los treballar a les plantacions. El 1630 es construí al lloc una capella dedicada a São Roque, en el Morro do Forte, vora mar. Al voltant d'aquesta capella sorgí un primer nucli de poblament portuguès, dependent d'Angra dos Reis, a l'altre extrem de la badia.

El 1636 fou fundada una vila nova al lloc on actualment es troba el centre històric, al voltant d'una capella dedicada a Nossa Senhora dos Remédios. Després de diferents intents fallits, el 1667 els habitants de la Vila de Nossa Senhora dos Remédios de Paraty aconseguiren del rei de Portugal el privilegi que els independitzava definitivament d'Angra dos Reis i els convertia en ciutat. El creixement de la ciutat es va veure afavorit pel drenatge de les riqueses de la colònia cap a Portugal, especialment de l'or de Minas Gerais, la ruta del qual (Caminho do Ouro) passava per l'excel·lent port natural de Parati camí de Rio, però de la canya de sucre, produïda a les plantacions de les planes properes.

L'amenaça constant dels corsaris anglesos i francesos impulsà els portuguesos primer a fortificar el lloc i després a construir, des de 1710, una ruta alternativa a l'interior. A Parati la mesura provocà rebel·lions i una minva de la ciutat durant el segle xviii, que va redirigir l'economia a la producció d'aiguardent de canya de sucre (150 destil·leries en actiu el 1820). El comerç del cafè i el tràfic d'esclaus, traslladat a les antigues rutes de l'or per defugir les primeres prohibicions des de Rio, completaven l'economia local durant el segle xix. Però les males comunicacions terrestres, sobretot amb la marginació de la ciutat de la via del ferrocarril, en van fer un indret secundari fins a mitjan segle xx, en què es construeixen noves carreteres i esdevé un centre turístic important.