La Iglesia de San Pedro Claver és una església situada a Cartagena de Indias, a Colòmbia. Aquesta església i el seu convent estan situats a la plaça de Sant Pere Claver.

L'església forma part d'un conjunt d'edificis religiosos que es complementa amb el Claustre de San Pedro Claver i el museu arqueològic. Va ser construït entre 1580 i 1654, en estil colonial espanyol. Originàriament coneguda com l'església de Sant Joan de Déu, s'anomena des de l'any 1622 l'església de Sant Ignasi de Loiola i actualment es coneix com a San Pedro Claver.

L'església és colonial, llevat de la cúpula, l'any 1921 es va eliminar la cúpula colonial i es va aixecar la cúpula actual, obra del francès Gaston Lelarge.

Al seu altar es troben les restes de sant Pere Claver, mort l'any 1654 a Cartagena, després de dedicar-hi pràcticament totes les la seva vida per evangelitzar i redimir els esclaus negres de la Nova Granada.

El 7 de maig de 2022 l'Església va dedicar formalment un nou mausoleu. L'estructura és de 2 plantes i utilitza l'espai existent que habita darrere del lloc de descans del Sant. La construcció del mausoleu va ser donada pels filantrops Dr. Jaime Rodríguez Torres i l'inversor de Miami Burt Connelly.