Els frisons potser s'hi establiren al segle v. Havia estat una possessió danesa i base militar britànica, fins que el 1890, en virtut del Tractat de Heligoland-Zanzíbar fou lliurada pels britànics a Alemanya a canvi que els alemanys desistissin en les seves aspiracions sobre Zanzíbar.[1] Els alemanys la van convertir novament en base militar i en deportaren els illencs fins més enllà de la Segona Guerra Mundial. El 18 d'abril de 1945, l'aviació aliada va deixar caure prop de 7000 bombes sobre l'illa, arrasant-la i provocant l'evacuació posterior dels que van sobreviure.[2]

Després de la guerra, la infraestructura de l'illa va ser completament enderrocada. Els britànics van ocupar l'illa i va quedar deshabitada. El 18 d'abril de 1947 els britanics van fer-hi detonar 6700 tones d'explosius, en el que ha estat una de les majors detonacions no nuclears de la història.[3][4] L'1 de març de 1952 van tornar-la al govern alemany i d'aleshores va començar la reconstrucció. Abans de construir, s'havia d'evacuar unes 200 000 bombes i granades disperses per tot arreu. El maig de 1953 les primeres cases van ser acabades. El 1958 l'església de Sant Nicolau i el petit hospital van obrir les portes.[5]

Tot i no tenir cap estatut d'autonomia especial està fora de la zona euro i del Tractat de Schengen.

Com a curiositat, val a dir que aquesta illa inspirà J.K. Rowling per a crear l'illa d'Azkaban, que surt al llibre Harry Potter i el pres d'Azkaban. També va ser on Werner Heisenberg va tenir la idea per desenvolupar la seva teoria de la mecànica quàntica el 1925.[6]