El club es va fundar el 1899 com un grup informal d'entusiastes del futbol dintre de l'Hamburg-St. Pauli Turn-Verein 1862. L'equip no va disputar el seu primer partit oficial fins a 1907, perquè fins llavors no va comptar amb el nombre mínim de jugadors per a formar un equip. Degut a aquest motiu, durant 4 anys van estar jugant partits no oficials en terrenys no aptes per al futbol. Entre l'any 1907 i 1908 van guanyar 7 dels 11 partits que van disputar, tots contra equips d'Hamburg i rodalia. Entre els jugadors ens trobem amb Heini Schmelzkopf, Papa Friedrichsen i el seu fill Hans, i Amandus Vierth, que va ser qui va tenir la idea que l'equip lluís els colors marró i blanc.[1]

A la fi de 1909 s'adhereix a la Nord-deutsches-Fußallverband o NFV (Associació de Futbol del Nord d'Alemanya), de la qual va ser membre amb tots els drets el 15 de maig de 1910 quan es va establir oficialment, adoptant el nom de St Pauli TV. El seu primer partit oficial va ser sota el nom St. Pauli Turnverein, nom que va mantenir fins a 1924 arran d'una normativa que va obligar els clubs de futbol a separar-se dels clubs gimnàstics. Aquest partit el va guanyar contra el SC Germania 1887 per 2 a 0.[2] Malgrat aquesta victòria en el primer partit, el còmput global de la temporada va ser decebedora: 6 victòries per 20 derrotes i 2 empats. Aquest any també van disputar 3 partits fora d'Hamburg, 2 a Dinamarca i 1 en Cuxhaven. Tots van acabar en derrota per golejada.

Al contrari del que es pot creure la Primera Guerra Mundial va beneficiar al club esportivament perquè obté l'ascens automàtic a la Segona Divisió en retirar-se diversos clubs que no comptaven en les seves files amb suficients jugadors. Entre desaparicions i fusions de clubs, només va quedar una sisena part dels equips. De fet, dels 300 equips membres de la NFV abans de la guerra es van passar a 140 una vegada acabada. Fins i tot l'FC St Pauli va estar a punt de fusionar-se amb el Favorite Hammonia.

En 1919 va jugar a la Primera Divisió, però va quedar en últim lloc amb un rècord negatiu d'una victòria i 23 derrotes. Aquest mateix any es converteix en propietari de l'estadi de Heiligengeisfeld en haver pagat 35.000 marcs.[1]

Durant els anys 20 i els anys 30 sofreix el que es va anomenar com els anys del io-io, perquè suma promocions i descensos continus, encara que això no li impedeix que es consolidi l'estructura administrativa. La temporada 1923/24 Henry Rehder és triat com a president, i el club es desvincula definitivament del Hamburg St.Pauli Turnverein i es converteix en un club de futbol independent, adoptant el nom de FC Sant Pauli. El club estava vinculat a la burgesia, ja que els obrers del barri estaven en la ATSB (Associació Esportiva i Gimnàstica dels Treballadors) en comptes d'en la NFV ja que la Federació Alemanya de Futbol no permetia grups d'obrers en les seves files.[3] És per aquest motiu que els enfrontaments contra equips vinculats a moviments d'esquerra com el Komet Blankenese i el Billstedt-Horn, es van convertir en partits realment violents.

Fins a l'any 1933 l'equip va jugar en diverses lligues interregionals. De 1922 i 1926 participa en la Lliga Norddeutsche i en el 1927 en l'A-Klasse Hamburg, de menor categoria, en la qual només va estar un any. Després, va tornar a disputar la Lliga Norddeutsche però l'any següent, formà part de la Runde de Zehn (Ronda dels Deu).[4] Aquest campionat es va formar a causa de les protestes dels equips del nord a causa de la fragmentació en lligues locals, però només va durar un any. La primera temporada amb aquest format el club va acabar en 6a posició amb 5 partit guanyats i 4 perduts. La següent temporada (1929/30) accedeix a la presidència Wilhelm Koch, que més tard donarà el seu nom a l'estadi, éel St. Pauli és enquadrat en la Berzirksliga Hamburg, la 2a Divisió local. Dirigit per Richard Sumps aconsegueix guanyar la lliga, a 5 punts de distància del seu immediat perseguidor.

L'equip va jugar com un amateur fins a la creació del primer equip el 1934 en el límit de la Gauliga Nordmark, sent un dels setze equips creats en la reorganització del futbol alemany que va ocórrer durant el Tercer Reich. Immediatament van ser relegats, però van tornar a ser protagonistes el 1936. Relegat altra vegada el 1940, el St Pauli reapareixeria en l'Hamburg Gauliga el 1942, on jugaria fins al final de la Segona Guerra Mundial.

Després de la guerra, el club va tornar a jugar en la Oberliga Nord el 1947. Una gran participació en la temporada 1947-48, en la qual va finalitzar en el segon lloc, va dur al St Pauli a la seva primera participació important en el Campionat Nacional.[2] L'equip va avançar fins a les semifinals on van ser eliminats en caure per 2 a 3 davant els eventuals campions, el FC Nürnberg. El club va seguir jugant bé durant els primers anys de la dècada dels 50, però era incapaç d'arribar al nivell de rivals com l'Hamburg SV, acabant en el segon lloc en cinc de les set següents temporades i sortint en les primeres rondes en cadascuna de les seves aparicions en el Campionat Nacional des de 1949 a 1951. En l'última meitat de la dècada i a principis dels anys 60, el St. Pauli va vèncer a rivals com el Werder Bremen i el VfL Osnabrück, però era incapaç de superar el quart lloc.

El 1963 es va formar la Bundesliga, la nova lliga professional de primera divisió d'Alemanya Occidental. Equips com l'Hamburg, el Werder Bremen o l'Eintracht Braunschweig es van unir a la lliga després d'acabar en els primers llocs de la Oberliga Nord, mentre que el St. Pauli es va situar a la segona divisió, la Regionalliga Nord.

L'èxit de la Bundesliga i el creixement del futbol professional a Alemanya Occidental va conduir a la formació de la 2. Bundesliga el 1974.[5] El St. Pauli formava part de la nova lliga i el 1977 finalment va ascendir a la primera divisió de la Bundesliga en virtut del seu primer lloc. L'equip, però, va descendir la temporada següent.

La tornada del club a la 2. Bundesliga va ser també efímera. Prop de la fallida de 1979 se li va negar la llicència per a la temporada següent i van ser enviats a la Oberliga Nord (III Divisió).[6] L'empenta esportiva de 1981 i 1983 no va ser acompanyada per una bona salut financera. El 1984, el club va recuperar la categoria a la 2. Bundesliga per davant de la secció amateur del Werder Bremen que en realitat havia acabat dos punts per davant del St. Pauli, però no podien jugar la promoció.

La construcció de la identitat del club es va donar durant els anys 80, quan el St. Pauli va començar la transició d'un club tradicional a un club de culte. El club va canviar la ubicació dels seus terrenys per uns en el moll de St. Pauli, prop del carrer Reeperbahn. El barri de Sankt Pauli és un dels districtes vermells més importants d'Europa, i es troba a prop del barri xinès, de locals nocturns i de diversos locals ocupats de Hafenstraße.[7] El jovent antifeixista d'Hamburg, que en molts casos eren seguidors del Hamburger Sport-Verein, van deixar d'assistir a partits de futbol per l'aparició i augment de la ideologia nazi a les graderies dels camps de futbol i van començar a reunir-se al Millerntor, l'estadi del St. Pauli. Les grades del Millerntor van esdevenir el punt de trobada de l'antifeixisme, el moviment squatter (molt actiu en aquells anys a Hamburg) i les ideologies de caràcter comunista i anarquista.[8]

Els seguidors van adoptar el crani amb ossos creuats com el seu propi emblema no oficial. El St. Pauli va ser el primer equip d'Alemanya a prohibir oficialment la dreta política i activitats nacionalistes en una època que el feixisme inspirava vandalisme en el futbol. El 1981, l'equip tenia una mitjana de només 1.600 espectadors: abans de finals dels anys 90 aquesta mitjana va augmentar a 20.000 espectadors per partit.[9][10]

El St. Pauli va començar un període de pujades i baixades que el van fer ascendir i descendir de la Bundesliga diverses vegades durant una dotzena d'anys. Van tornar a la Bundesliga el 1988 per estar-s'hi tres anys, més tard va estar dues temporades a segona, el 1995.

El club va ascendir a la Bundesliga a la temporada 2001-02. El club va apostar per un projecte ambiciós, però va acabar descendint a segona, amb només 22 punts.[11] L'any següent també va descendir a la Regionalliga. Aquesta aventura gairebé va dur a la fallida al club que va haver de portar a terme iniciatives anomenades "Retteraktion" per a liquidar el seu deute. Es van imprimir samarretes amb la imatge del club envoltada per la paraula "Retter" (salvador) i se'n van vendre més de 140.000 exemplars en tan sols 6 setmanes. També es va organitzar un partit benèfic contra el Bayern de Múnic per a intentar rescatar al club i sanejar-lo econòmicament.[12]

El club també ha estat actiu en accions benèfiques i humanitàries. El 2005 el club, l'equip i els seguidors van iniciar la campanya Viu amb aigua de Sankt Pauli, amb la qual es van reunir diners per a dispensadores d'aigua per a escoles de Cuba.

Durant la temporada 2005-06, l'equip va gaudir d'un èxit sense precedents en la DFB Pokal, vencent el Wacker Burghausen, el Bochum i el Hertha Berlín i, en els quarts de final el dia 25 de gener de 2006, el Werder Bremen per 3-1 en un Millerntor-Stadion ple, aconseguint un lloc en les semifinals de la DFB Pokal. Amb els triomfs el club van aconseguir ingressar aproximadament 1 milió d'euros en concepte de drets de TV i patrocinis. Després de les seves victòries en la DFB Pokal, el club també va llançar una nova línia de samarretes amb el lema Wir sind Pokal (Som la Copa), després el diari Bild va posar en un titular Wir sind Papst (Som el Papa).

El St. Pauli va ser eliminat de la copa al caure davant el Bayern de Múnic el 12 d'abril per 3-0 amb un gol d'Owen Hargreaves i dos de Claudio Pizarro.

Després de l'èxit aconseguit en la temporada 2006/2007 en la Regionalliga Nord (en la qual va finalitzar 1r), l'equip va ascendir a la 2. Bundesliga i alguns anys següents a la 1. Bundesliga,[13] però només va durar-hi un any. La temporada 2012/2013, davant el mal començament a la 2. Bundesliga (12s al cap de 6 jornades) es va destituir a l'entrenador, André Schubert i va entrar Michael Frontzeck.