Abans del segle xix, vivien a la zona els Tonkawa i els Lipans. A mitjans de la dècada del 1860, Morgan Calvin Hamilton posseïa la propietat ara coneguda com a Hamilton Pool Preserve. El seu germà, Andrew Jackson Hamilton, va visitar evidentment la gruta mentre exercia de governador de Texas (1865-1866). A la dècada del 1880, la família de Reimers, immigrants d'Alemanya, va comprar la propietat per criar ovelles i bous. La llegenda diu que el seu fill de vuit anys va descobrir la gruta ensorrada.

Tot i que els ramaders podrien considerar la gruta un perill per a la seva ramaderia, els Reimers aviat van adonar-se del seu valor com a àrea recreativa i van obrir la propietat per a ús públic. Al voltant de principis del segle xx, el lloc no va atraure gaires visitants, però a la dècada del 1960 i a la dècada del 1980 la popularitat de Hamilton Pool va augmentar. El indret començava a rebre molts visitants i tenien poques restriccions.

 

 

 

 

A més de l'impacte del públic visitant, els bous, ovelles i cabres van pasturar el delicat ecosistema durant diverses dècades, provocant canvis en la vegetació autòctona. El 1980, el Departament de Parcs i Vida Silvestre de Texas va citar Hamilton Pool com a àrea natural més significativa de la zona rural del Comtat de Travis. El 1985, el comtat de Travis va comprar 0,94 km² a la família Reimers i va implementar un pla de gestió agrària agressiva per restaurar Hamilton Pool. Ara, com a resultat del pla de restauració, els ecosistemes de Hamilton Pool es recuperen.

Les pràctiques continuades de la gestió dels terrenys de Hamilton Pool Preserve inclouen cremades prescrites, restauració de praderies, estadístiques d'espècies en perill d'extinció, inventaris biològics i supervisió de la qualitat de l'aigua.