La primera mesquita  Les ruïnes de la mesquita original en una postal francesa, vers el 1900

La data real de construcció de la primera mesquita de Djenné és desconeguda, encara que es suggereix com a molt d'hora l'any 1200 i com a data tardana el 1330.[1] El document més antic que la menciona és la crònica àrab Tarikh al-Sudan escrita per Abd al-Sadi, que la descriu tal com existia a mitjans del segle xvii, malgrat la font ve probablement de la tradició oral. El Tarij narra que un sultà Kunburu va fer-se musulmà i el seu palau enderrocat va esdevenir en una mesquita. Es va construir un altre palau prop de la mesquita al costat est.[2] El seu successor va construir les torres de la mesquita, mentre que el següent sultà va construir la paret circumdant.[3]

No hi ha cap altra informació per escrit sobre la gran mesquita fins que l'explorador francès René Caillié va visitar Djenné l'any 1828, i va escriure: «A Jenné hi ha una mesquita construïda de terra, coronada per dues torres massisses però no altes; està construïda rudement encara que és molt gran. Es troba abandonada a milers d'orenetes, que construeixen en ella els seus nius. Això comporta una olor molt desagradable que, per tal d'evitar-la, s'ha fet normal el costum de resar en un petit pati exterior».[4]

Mesquita d'Ahmadu Lobbo  Vista de la mesquita des del sud-oest, tal com es veia el 1895 (a Félix Dubois, Tombouctou la Mystérieuse)

Deu anys abans de la visita de René Caillié, el cap religiós fulbe Ahmadu Lobbo havia iniciat el seu gihad i conquistat la ciutat. Sembla que va desaprovar la mesquita i va deixar que es deteriorés. També va tancar totes les petites mesquites de barri.[5] Entre 1834 i 1836, va construir una nova mesquita a l'est de la que ja hi havia, en el lloc de l'antic palau. La nova mesquita era un edifici gran, mancat de qualsevol mena d'ornamentació o de torres.[6]

Les forces franceses dirigides per Louis Archinard van conquerir Djenné a l'abril de 1893. Poc després, el periodista francès Félix Dubois va visitar la ciutat i va descriure les ruïnes de la mesquita original[7] i, en el seu llibre Tombouctou la Mystérieuse (1897), va fer un pla i un dibuix de com s'imaginava la mesquita mirat abans de ser abandonada.[8] En el moment de la seva visita, l'interior de la mesquita en ruïnes s'utilitzava com a cementiri.[9]

Segles XX i XXI  Vista de la gran mesquita, des del nord-est, el 1910. De Félix Dubois' Notre beau Niger

El 1906, l'administració francesa establerta a la ciutat va disposar que la mesquita original fos reconstruïda i al mateix temps s'establís una escola en l'edifici de la mesquita d'Ahmadu Lobbo. Així, les autoritats franceses colonials també van ajudar administrativa i econòmicament a la construcció d'una madrassa a prop. Les reconstruccions es van acabar el 1907, sota la direcció d'Ismaila Traoré, cap del gremi dels paletes de Djenné. Gràcies a les fotografies preses en el moment,[1] s'observa que com a mínim algunes de les noves parets exteriors varen seguir la disposició de les de la mesquita original, però no està clar pel que fa a les columnes que sostenen el sostre, que mantingueren la seva posició original. El que és gairebé segur en la nova mesquita reconstruïda, és la disposició simètrica de les tres grans torres en l'alquibla del mur. Existeix debat entre estudiosos sobre fins a quin punt el disseny de la mesquita reconstruïda va rebre influencia de l'estil francès.[1]

Dubois va tornar a visitar Djenné el 1910 i el nou edifici el va sorprendre. Com va escriure, creia que l'administració colonial francesa va ser la responsable del nou disseny i va descriure que semblava un encreuament entre un eriçó i un òrgan d'església. També creia que les torres en forma de cons feien que l'edifici s'assemblés a un temple barroc dedicat al déu dels supositoris.[10] Per contra, Jean-Louis Bourgeois va argumentar que els francesos havien exercit poca influència excepte, potser, en els arcs interns, i que el disseny era «bàsicament africà».[11]

 La mesquita fotografiada el 2003, al costat del mercat de la ciutat

El pati que hi ha al davant de la paret oriental conté dues tombes. La tomba més gran, al sud, té les restes d'Almany Ismaila, un important imam del segle xviii.[12] A principis de l'època colonial francesa, l'estany situat al costat oriental de la mesquita va ser omplert amb terra per tal de crear una zona oberta, que s'utilitza per al mercat setmanal.[13]

A moltes mesquites de Mali s'ha afegit cablejat elèctric i de fontaneria interior. En alguns casos, s'han enrajolat més les superfícies originals, fent desaparèixer la seva aparença històrica i, en d'altres, s'ha compromès la integritat estructural de l'edifici. La gran mesquita ha estat equipat amb un sistema d'altaveus, però els ciutadans de Djenné s'han resistit a més modernització en favor de la integritat històrica de l'edifici. Molts conservacionistes històrics han elogiat els esforços de conservació de la comunitat, i l'interès en aquest aspecte va créixer en la dècada de 1990. El 1996 la revista Vogue va fer una sessió de fotos de moda a la gran mesquita. Les imatges de dones lleugeres de roba, al sostre i la sala d'oració, van ser considerades una violació de l'acord que la revista havia fet amb els líders locals i van provocar la indignació de l'opinió local. Com a resultat, es va prohibir l'accés a la mesquita al no musulmans.[14][15]