L'antiga església va ser transformada al llarg dels segles des d'una casa privada que era el lloc de veneració cristiana clandestina al segle I fins a una gran basílica pública al segle VI, reflectint la creixent legitimació i poder d'emergent església catòlica.

Edificis romans  Altar de Mitra, al soterrani, segle ii.

La casa va ser en origen propietat d'un cònsol i màrtir romà, Tit Flavi Climent, que va ser un dels primers senadors romans a convertir-se al cristianisme. Va permetre que la seva casa s'usés com a lloc de reunió secret per als seus companys cristians, estant en aquells dies prohibida aquesta religió.

Hi ha evidència d'un culte pagà en el lloc. Al segle II membres d'un culte mitraïsta van construir un petit temple dedicat a Mitra en una insula o complex d'apartaments, en el lloc. Aquest temple, usat per a rituals d'iniciació, va durar fins al voltant de finals del segle III.

La primera basílica

Les excavacions dels anys 1860 van revelar la primera basílica oblidada que subjeu a la medieval. A la fi del segle IV o principis del V, després que el cristianisme es convertís en la religió oficial de Roma, la petita església va sofrir una ampliació, adquirint la insula veïna i altres edificis propers; els arquitectes van començar a treballar en el complex d'habitacions i patis, construint una nau central sobre el lloc de l'església precedent, i un absis sobre l'anterior mitreu. La nova església estava dedicada al papa Climent I, un cristià convers del segle I i contemporani de Tit Flavi Climent. Es van emprendre restauracions al segle IX i cap a 1080-99.[1]

A part dels de Santa Maria Antiqua, la més àmplia col·lecció de pintures murals de principis de l'edat mitjana són les que es troben en la basílica inferior de Sant Climent. Durant els segles següents, Sant Climent es va convertir en un «far» per als artistes i escultors d'esglésies, beneficiant-se de la generositat de l'Imperi Romà d'Orient. Actualment, és una de les esglésies de Roma més ricament decorades.

L'últim gran esdeveniment ocorregut en la basílica inferior va ser l'elecció en 1099 del cardenal Rainerius de Sant Climent com a papa Pasqual II.

La segona basílica

L'actual basílica va ser reconstruïda en una campanya pel cardenal Anastasius, h. 1099-h. 1120, després que l'església original anés cremada fins als fonaments durant el saqueig normand de la ciutat amb Roberto Guiscardo en 1084.[2]

Els dominics irlandesos s'han fet càrrec de Sant Climent des de 1667, quan Anglaterra va prohibir l'església catòlica irlandesa i va expulsar a tot el clergat. El papa Urbà VIII els va donar refugi en Sant Climent, on han romàs, portant una residència per a sacerdots estudiant i ensenyant a Roma. Els propis dominics van dur a terme les excavacions dels anys 1950 en col·laboració amb estudiants d'arqueologia italians.

Sobre una paret al pati hi ha una placa fixada pel papa Climent XI, que lloa a Sant Climent, declarant, «Aquesta antiga església ha suportat els estralls de segles». Climent va emprendre restauracions de la venerable estructura, que ell va trobar dilapidada. Va seleccionar a Carlo Stefano Fontana, nebot de Carlo Fontana com a arquitecte, qui va erigir una nova façana, completada en 1719.[3] Els sostres tallats i daurats de la nau central i els passadissos laterals, emplenats amb pintures, daten d'aquesta època, així com els frescs.

En una capella lateral hi ha un santuari amb la tomba de Sant Cirilo dels Santos Ciril i Metodi els qui van crear l'alfabet glagolític i van cristianitzar als eslaus. El papa Joan Pau II solia resar aquí de vegades per Polònia i els països eslaus [1] Arxivat 2008-09-24 a Wayback Machine.. La capella també alberga una Verge de Sassoferrato.

L'actual cardenal sacerdot del Titulus S. Clementi és Adrianus Johannes Simonis, arquebisbe emèrit d'Utrecht en els Països Baixos. El papa Pascual II (1076-1099) va ser un dels qui prèviament van exercir el titulus.