L'ocupació humana de la Berlenga Gran (única illa habitada) es remunta a l'antiguitat, anomenant-se, Λονδοβρίς, Londobris. Més tard va ser batejada com a illa de Saturn pels geògrafs romans. Posteriorment va ser visitada per navegants àrabs, vikings i corsaris francesos i anglesos.

En 1513, amb el suport de la Reina Leonora, es van establir allí monjos de l'Orde de Sant Jeroni amb el propòsit d'oferir auxili a la navegació i a les víctimes dels freqüents naufragis en aquelles costes, assolades per corsaris. Es va fundar així el Mostério da Misericórdia da Berlenga, en el local on, des de 1953, s'alça un restaurant. L'escassetat d'aliments, les malalties i els constants assalts de pirates i corsaris marroquins, algerians, anglesos i francesos, van fer impossible la vida de retir dels frares, sovint incomunicats a causa de les inclemències del mar.