圣安德鲁斯主教座堂的建立是因为原址附近的圣芮格鲁斯（圣鲁尔）教堂（St. Regulus Church）已经不敷使用。工程从1158年开始，持续了超过一个世纪。1272年，一场风暴摧毁了教堂西侧，修复工作在1279年完成。1318年，工程终于完成。新落成的教堂有一座钟塔和六座刀塔。1318年7月5日，国王罗伯特一世为教堂揭幕。据称在开幕典礼上，他亲自骑马穿过中殿。

座堂日常由奥斯丁会教士和圣安德鲁斯修道院维护。在15世纪晚期，方济各会和道明会的修士纷纷在圣安德鲁斯置办物业。

1559年6月，一群受约翰·诺克斯鼓动的新教徒们洗劫了座堂。他们摧毁了内部装饰。在是次袭击后，教堂逐步衰败，并被拆下用作建筑原料。到了1561年，教堂被彻底遗弃，沦为废墟。

大约在16世纪末，钟塔已经不复存在。钟塔倒塌的时候也破坏了北墙。之后的几个世纪，拿走教堂石料的情况一直存在并且无人阻拦。直至1826年，人们又对保护教堂产生了兴趣，在原址的地上保留了教堂的轮廓。还剩下的大型结构仅有东西两侧的山墙，中殿的南墙和南耳室的西墙，大部分是诺曼和苏格兰早期风格。

至于教堂旁的修道院，在17世纪末仍保存完好。但是今天除了部分的墙体和拱形通道外，几乎没有剩下什么结构。