Lịch sử  Tượng vua Denis, tại Coimbra

Trường đại học được thành lập hay phê chuẩn vào năm 1290 bởi vua Dinis I của Bồ Đào Nha ở Lisboa với tên gọi Studium generale.[1] Hiến chương hoàng gia công bố tổ chức của trường đại học vào ngày 1 tháng 3 cùng năm, mặc dù những nỗ lực kể trên đã được thực hiện ít nhất kể từ năm 1288 nhằm thành lập trường đại học đầu tiên ở Bồ Đào Nha. Chính vì vậy nó là trường đại học lâu đời thứ hai ở bán đảo Iberia. Giáo hoàng Nicôla IV cũng đã chính thức xác nhận vào ngày 9 tháng 8 năm 1290. Theo như tông sắc của Giáo hoàng, tất cả các khoa hợp pháp đều được thành lập ngoại trừ khoa thần học. Vì thế, các khoa Luật, Nghệ thuật, Giáo luật và Y khoa là những lĩnh vực đầu tiên được thành lập. Tuy nhiên, ngôi trường này không ở Lisboa lâu. Năm 1308, có thể do các vấn đề về giải phóng khỏi Giáo hội, cộng thêm xung đột giữa sinh viên và cư dân địa phương, trường đại học được chuyển về Coimbra. Thị trấn này đã có truyền thống lâu đời trong giáo dục, là nơi có ngôi trường rất thành công của Tu viện Santa Cruz. Sau đó nó được thành lập trên một khu bất động sản gọi là "Estudos Velhos".

Vào năm 1338, dưới thời trị vì của vua Afonso IV, nó một lần nữa được chuyển đến Lisboa trước khi quay trở lại Coimbra vào năm 1354, lần này là trung tâm của thị trấn khi đó đang được mở rộng hoàn toàn. Vào năm 1377, dưới thời trị vì của vua Fernando I, nó lại được chuyển đến Lisboa và tồn tại ở đây hơn một thế kỷ rưỡi. Khoa Thần học có lẽ được cấp phép thành lập vào thời kỳ này, khoảng 1380. Năm 1537, dưới thời trị vì của João III của Bồ Đào Nha, nó lần thứ ba được chuyển về Coimbra nhưng lần này là chuyển hẳn về đó, nơi nó được xây dựng thêm Cung Alcaçova, sau đó được Hoàng gia mua lại vào năm 1597.[2] Cơ sở giáo dục đại học, bao gồm tất cả sách từ thư viện, đã được chuyển từ Lisboa đến Coimbra. Nhiều giảng viên của trường đã không rời Lisboa và trên thực tế hầu hết giảng viên mới tại Coimbra đều làm việc ở đại học Salamanca trước đó. Phần lớn chương trình học không có sự xáo trộn nào.[3] Việc tái cấu trúc chương trình giảng dạy đã được thực hiện và các giảng viên mới, cả người Bồ Đào Nha và nước ngoài đều được nhận vào.

Vào thế kỷ 18, hầu tước xứ Pombal đã thực hiện những cải cách triệt để, đặc biệt là liên quan đến việc giảng dạy các môn khoa học, phù hợp với Chủ nghĩa Khai Sáng và tín điều phi thường của ông. Trong nhiều thập kỷ, đây là trường đại học duy nhất ở Bồ Đào Nha kể từ khi thành lập vào năm 1290 cho đến năm 1559 (trường đại học Évora hoạt động từ năm 1559 đến năm 1759), và một lần nữa từ năm 1759 đến năm 1911 (Đại học Lisboa và Đại học Porto được thành lập vào năm 1911). Lịch sử lâu đời và ưu thế trong quá khứ của Đại học Coimbra đã khiến nó trở thành một trọng tâm ảnh hưởng quan trọng ở Bồ Đào Nha, không chỉ về mặt giáo dục mà còn cả về chính trị và xã hội.

Các bước đầu tiên hướng tới sự thống nhất của một số hệ thống giáo dục đại học Châu Âu đã được thực hiện với tuyên bố Sorbonne được ký kết bởi các Bộ trưởng phụ trách Giáo dục đại học ở Pháp, Ý, Vương quốc Anh và Đức vào năm 1998, và sau đó đến năm 1999 là ký kết trong tuyên bố Bologna. Quy trình Bologna nhằm tạo ra một nền giáo dục đại học châu Âu bằng cách thực hiện một cấu trúc mức độ so sánh, các tiêu chuẩn đảm bảo chất lượng chung và bằng cách thúc đẩy quá trình di chuyển của sinh viên và giảng viên, là một cuộc cách mạng lớn trong giáo dục đại học của châu Âu. Tại Bồ Đào Nha, Đại học Coimbra quyết định hoãn việc áp dụng mô hình Quy trình Bologna mới từ năm 2006 đến năm 2007/2008.

^ “topuniversities”. UNIVERSITY OF COIMBRA. Truy cập ngày 21 tháng 8 năm 2013. ^ https://www.uc.pt/en/informacaopara/visit/paco/greathall, The Royal Palace ^ Mary Elizabeth Devine; Carol Summerfield (2013). International Dictionary of University Histories. Taylor & Francis. tr. 469. ISBN 978-1-134-26217-5.