Було зведено за часів імператора (Сапа Інки) Пачакутека після підкорення держав Чанка й Покра. Доволі швидко перетворилося на важливий центр імперії, де відбувалися значні релігійні церемонії. Тут зберігалася частина скарбів Сапа Інки. Зведено у формі сокола з численними класичними будівлями, з яких найвідомішими — Храми Сонця, Місяця, Ушну. Також інки створили значну кількість терас, де вирощувалися сільськогосподарські культури. Доволі швидко чисельність населення зросла до 40 тис. осіб.

Через місто проходила стратегічна імператорська дорога з Куско до Кіту.

У часи боротьби за владу Атауальпи з Уаскаром спочатку підтримувало останнього, але після поразки Уаскара підкорилося Атауальпі. У подальшому Вількасуаман став військовою базою військ останнього незалежного Сапа Інки. У 1533 році інкські вояки у Вількасуамані намагалися чинити спротив загонам на чолі з Ернандо де Сото, але зазнали поразки.