Вважається, що місто було створене як священний гірський притулок великим правителем інків Пачакутеком за сторіччя до завоювання його імперії, тобто приблизно в 1440 році, і функціонувало до 1532 року, коли іспанці вдерлися на територію імперії, після чого місто було залишене його мешканцями. Іспанські конкістадори так і не дісталися до Мачу-Пікчу. Це місто не було зруйноване. Більш ніж на 400 років місто було забуте і перебувало в запустінні, але вже у 1911 році знову отримало всесвітню відомість.

Його виявив американський дослідник з Єльського університету, професор Хайрам Бінґем 24 липня 1911 року. Коли він добрався сюди у супроводі виділеного урядом загону охорони й місцевого хлопчика-провідника, він виявив селян, що жили там. Як вони розповіли йому, вони жили там «вільними, без небажаних візитерів, чиновників, що вербують в армію „добровольців“, або збирачів податків».

Місто було в запустінні. Крім того, тут раніше вже побували любителі визначних пам'яток, що залишили свої накреслені вугіллям імена на гранітних стінах. І сам Хайрам Бінґем в ході трьох своїх експедицій вивіз до США близько 5 тис. артефактів.

Відтоді Мачу-Пікчу став важливою туристичною пам'яткою. Територія навколо міста в 1981 році була проголошена історичним заповідником, який в 1983 році був внесений до списку об'єктів Світової спадщини ЮНЕСКО. У 2007 році Мачу-Пікчу вшанований званням Нового чуда світу.