Першим в комплексі було побудований палацово-парковий ансамбль Юаньмін'юань, створений за китайськими традиційними канонами. Розпочато у 1707 році. Його у 1709 році подаровано імператором Кансі четвертому синові і спадкоємцеві, майбутньому імператору Юнчжену. Кансі власноруч написав назву Юаньмін'юань на табличці при вході в парк. Останній після сходження на трон переніс з Пекіна до Юаньмін'юаня імператорську резиденцію, де постійно жив протягом свого порівняно короткого правління і помер, передавши владу Цяньлуну. При Юнчжені планування парку і вигляд павільйонів майже не змінилися.

Цяньлун, ставши імператором, видав указ про створення в «Саду досконалої ясності» ансамблю європейських фонтанів і палаців за канонами західної архітектури XVIII ст., що розташовувалися по сусідству з китайськими павільйонами і садами. Роботи було розпочато у 1751 році. Одним з палаців цієї частини (Сеціцюй) створено за проектом Джузеппе Кастільйоне. Над фонтанами працював єзуїт Мішель Бенуа, перший з яких створено в 1747 році. Спочатку постали палац Сеціцюй та лабіринт Ваньхуачжень. Останнім зведено палац Хайяньтан у 1783 році. До 1770 року з'явилися сади Чанчунюань і Цічуньюань. Найвищий розквіт парку припадає на 1814, в період володарювання імператора Юн'яня.

У літню пору року в Юаньмін'юані працювала придворна майстерня Жуігуань (如意館, «Студія потурання бажанням»), що мала власні постійні приміщенням в пекінському палаці.

Першим з європейців опис Юаньмін'юаня дав Жан-Дені Аттіре, який виступив автором серії листів 1740-х з описом китайської частини ансамблю. В них міститься захоплення його спонтанної красою. Листи викликали в Європі інтерес, перекладу німецькою і англійською мовами з метою публікації одночасно в декількох берлінських і лондонських виданнях. Останніми єврпоейцями, хто залишив опис, були представники Голланської Ост-Індської компанії у 1795 році.

У 1860 році зруйновано і пограбовано англо-французькими військами в період Другої опіумної війни. У 1873—1874 роках імператор Тунжчі намагався відбудувати його та перетворити на місце перебування регентів Цисі та Ци Ань. Втім внаслідок нестачі фінансів припинив роботи. Іншу спробу зробив імператор Гуансюй, але теж не завершив роботу. У результаті повторного розгрому повстанцями їхетуанями і військами восьми країн у листопаді 1900 року і пожежі, що тривала 3 доби, пам'ятка тепер існує у вигляді окремих фрагментів.

Усі випадково вцілілі після воєн твори мистецтва, зокрема 12 бронзових фігур фонтана-клепсидри, були розкрадені з палацу і вивезені з країни. Починаючи з 1987 року, кремі скульптури зодіакальних тварин продавалися на європейських аукціонах, і зараз відома приналежність 5 з них.

Натепер в КНР планується реконструкція ансамблю і перетворення його на національний парк. Зараз він перебуває під охороною держави, тут обладнані пішохідні маршрути, інформаційні стенди та інша інфраструктура.