Тривалий час вважалося, що Шунантуніч був великим церемоніальним центром майя або у першій половині ІХ століття він на короткий час навіть став резиденцією Са'альських царів. Проте дослідження 2010-х років дозволити вченим зробити висновок, що в Шунантунічі правила окрема династія зі своїм особливим «емблемним ієрогліфом», союзна Са'алю чи залежна від нього.

Шунантуніч процвітав у VI—VIII століттях нашої ери. До наших днів дійшли лише напівприховані рослинністю руїни навколо площі А-1, над якими височіє піраміда Ель-Кастильйо (загальна висота близько 40 м, V ст.). За оцінками археологів у Шунантуніч проживало не більше 10 тисяч осіб.

Існують свідчення того, що у 900-му році регіон сильно постраждав від землетрусу, після чого мешканці стали поступово залишати місто. Незабаром місто зовсім спорожніло, простоявши в такому вигляді багато столітть. На початку двадцятого століття тут з'явилися перші археологи.