За даними археологічних розкопок, найбільша колекція кераміки та інших рештків матеріальної культури знайдено біля місця злиття річок Німан та Няріс та датовані другим та першим тисячоліттями до нашої ери. Від того часу люди починають оселятися на території теперішнього міста Каунас.

Постійне поселення закладено на місці теперішнього старого міста Каунаса близько 10 століття нашої ери. Місто вперше згадується як Каунас в письмових джерелах в 1361 році, коли була збудована цегляна стіна Каунаського замку. В 1362 році замок був захоплений та зруйнований військами Тевтонського Ордену. Командир військового гарнізону Каунаського замку, Войдат, разом з 36 людьми намагався прорватися, але був взятий у полон. Це була одна з найбільших та найважливіших військових перемог Тевтонських лицарів в 14-му столітті проти Литви. Каунаський замок був відбудований на початку 15 століття.

В 1408 році місто отримало Маґдебу́рзьке право та стало центром Каунаського повіту в Троцькому воєводстві. Каунас отримав спеціальне право на володіння вагами, які використовувалися для зважування товарів, привезених до міста. Адміністрація Каунусу поділялася на три взаємопов'язані основні інституції: вайтас (міський голова), магістрат (12 народних засідателей та 4 бургомістри) та суд (12 осіб). Каунас починає швидко розвиватися, завдяки знаходженні на перехресті торгових шляхів та як річковий порт. В 1441 році Каунас приєднався до Ганза (міст Ганзейської унії). В місті було відкрито торгівельне представництво Ганза — єдине у Великому князівстві Литовському. В 16 століття в Каунасі відкривається публічна школа та лікарня. Каунас стає одним з найбільш розвинених міст країни.

В 1665 році місто атакувала кілька раз московська армія, а в 1701 році було окуповане шведськими військами. Протягом 1657 та 1708 у Каунасі вирувала епідемія чуми, яка призвела до смерті багатьох жителів міста. Велика пожежа зруйнувала частину міста в 1731 та 1732 роках.

Після остаточного розпаду Великого князівства Литовського в 1795 році місто анексувала Російська імперія, яка утворила на цих землях Віленську губернію. Під час Російсько-Французької війни, в 1812 році, армія Наполеона двічі проходила через Каунас — в обох випадках зруйнувавши його.

Після відходу французьких військ для захисту західних кордонів Російської імперії у місті збудували Ковенське укріплення (бастіон). Його залишки збереглися до наших днів. Ковенська губернія з центром у Ковні (Каунасі) сформована в 1843 році. В 1862 прокладений залізничний шлях, який з'єднав Російську та Німецьку імперії. Каунас став важливим залізничним хабом з одним з перших залізничних тунелів в імперії, розташованому біля міста.

Після невдалого Січневого повстання проти Російської імперії царська влада перевезла Католицьку семінарію Варная, єпископа Мотеюса Валанчуса та Жмудську єпархію до Каунасу, де їм надали Монастир бернардинів і Церкву Георгія Мученика.

Тільки обраним дворянам було дозволено навчатися в семінарії, єдиним винятком був селянин Антанас Баранаускас, який незаконно отримав документи від Кароліни Праняускайте. Згодом він почав читати лекції, використовуючи литовську мову, а не російську, і сильно вплинув на дух семінаристів, розповідаючи про давню Литву і особливо її земляні кургани. Потім багато зі студентів семінарії були активними учасниками руху «Книгоноші» (люди, які під час обмежень литовського друку в Росії (1864—1904) нелегально привозили і поширювали позазаконні латинкові книги литовською мовою; феномен литовської історії XIX століття). Каунаська духовна семінарія стала повністю литовськомовною, коли в 1909 році ректором семінарії став професор Йонас Мачюліс-Майроніс, який замінив польську мову для навчання литовською.

Впродовж 1920—1940 років «тимчасова столиця» Литовської Республіки. У 1920 році в Каунасі був зібраний Установчий Сейм, що поклав початок законодавчій системі держави. За часів незалежності Каунас розрісся, збільшилася кількість жителів, були побудовані нові архітектурні пам'ятники в стилі функціоналізм, райони Каунаса Алексотас і Віліямполе були з'єднані з центром міста за допомогою мостів через річки Нямунас і Неріс. У 1924 році почали курсувати автобуси, а в 1928 році було побудовано водопровід . Велику роль у розвитку міста в той період часу зіграв його бургомістр Йонас Вілейшіс. Під час першої радянської окупації Каунас відігравав роль столиці ЛРСР. Після німецького вторгнення в 1941 році — центр Генеральної округи Литви. 

31 липня 1944 року Литву знову окупували радянські війська. Після цього в Каунасі та його околицях активізувався партизанські загони «лісових братів», які чинили опір проти окупантів до 1953 року. 

2 листопада 1956 року на День усіх загиблих у місті пройшли демонстрації литовської молоді, які мали антирадянський характер і призвели до сутичок з міліцією. У результаті були проведені арешти учасників, кілька людей було відраховано з навчальних закладів. 14 травня 1972 року 19-річний Ромас Каланта, у знак протесту проти радянської влади в Литві, вчинив самоспалення поруч із фонтаном біля музичного театру на алеї Лайсвес. Це викликало в місті масові заворушення, які, однак, були швидко придушені[1].