Віленські караїми орендували житлове приміщення під молитовний будинок протягом кількох десятків років[1]. Бажаючи мати власну будівлю кенаси, вони звернулися до Віленського міського громадського самоврядування, яке безоплатно виділило караїмській громаді ділянку землі під будівництво в районі Жверінас на вулиці Міський, 6[2][3]. На початку 1908 був організований «Комітет зі спорудження кенаси в Вільно», до якого увійшли: колишній Тракайський газзан Фінеес Малецький (голова), Йосип Соломонович Лопатто (скарбник), Ромуальд Лопатто, брати Маврикій і Ахіезер Зайончковські, Адольф Шпаковський[4]. Великий внесок в роботу комітету зробили Моше Дурунча та Альфонс Пілецький. Комітет організував збір пожертвувань на будівництво кенаси серед караїмів Російської імперії, упорядкував виділену ділянку землі, яку очистили від соснового гаю й обнесли дерев'яним парканом, і влаштував сукку — приміщення для зустрічі свята Суккот.

Свято закладки кенаси відбулося 30 жовтня (12 листопада) 1911 року[3][a]. На ньому були присутні члени місцевої й Тракайської громад, виконувач обов'язків трокайського гахама, старший газзан Ісаак-Богуслав Фіркович, молодший газзан Ананія Дубинський і голова Комітету Фінеес Малецький, що склав і видав у вигляді брошури «Порядок молитви з нагоди заснування караїмської кенаси в м. Вільно в літо від створення світу 5672»[6]. Дохід від продажу брошури надійшов до фонду з будівництва кенаси. Будівництво розпочалося після церемонії закладки в фундамент першого каменю за проєктом російського архітектора Михайла Прозорова, хоча концептуальний дизайн кенаси розробив Фінеес Малецький[7][5]. На думку деяких дослідників, проєкт кенаси був натхненний Королівським павільйоном в Брайтоні в Великій Британії (архітектор Джон Неш, 1815-1821). Проти фасаду споруджуваної кенаси за розпорядженням Віленського міського самоврядування була прорізана нова вулиця, що отримала назву Караїмської[8]. До 1913 року було зведено стіни й покладений дах. Поруч з кенасою коштом братів Ромуальда і Йосипа Лопатто був побудований одноповерховий дерев'яний будинок для культурно-освітніх цілей громади, де знаходилася редакція журналу «Караїмське слово» і проводилися богослужіння[5][2].

Будівельні роботи переривалися двічі: в 1913 році через брак коштів на закінчення внутрішніх робіт, а потім і восени 1915 року через німецьку окупацію[7][2][9]. І тільки в 1921 році вони були відновлені. У новий комітет з будівництва увійшли: А. Абкович, М. Дурунча, Е. Юткевич, Е. Кальфа, Е. Кобецький, І. Козирович, І. Лопатто, А. Пілецький, Н. Робачевський, А. Шишман і З. Тинфович. Керували комітетом спочатку М. Дурунча, а потім Е. Кобецький. Освячення кенаси було проведено через два роки — 9 вересня 1923 року. Однак зібрання вірян тут було дозволено проводити тільки в 1928 році, коли та був обраний перший газзан (в 1927 році обов'язки газзана виконував Пінхас Аронович Малецький).

За проєктом Ф. Малецького купол кенаси був увінчаний шпилем з вінцем з променів, що виходять від символічного зображення Скрижалів Завіту ажурної роботи[7]. Пізніше Скрижалі замінив національний герб караїмів[10].

У 1949 році за рішенням Ради у справах релігійних культів Ради міністрів СРСР кенаса була закрита. Протягом близько 40 років будівля кенаси належало державі, і спочатку вона не використовувалася. Пізніше в будівлі розміщувався архів геодезичної служби, приміщення було зроблено житловим[11].

У цей період було втрачено багато меблів і начиння. Так, зник позолочений вівтар з кипарисами, пропали перські килими, аналой, штори, вівтар, свічники, дві люстри, дерев'яні лавки. Висячі люстри були передані караїмській громаді Галича.

У 1989 році кенасу знову передали караїмській релігійній громаді в Литві, а 9 березня 1989 року Михайла Фиркович провів урочисте богослужіння. Протягом п'яти років відновлювальних робіт будівлю реконструювали. Її урочисто відкрили в середині жовтня 1993 року. Урочистості, що тривали два дні, присвятили професорові Ананію Зайончковському. На заходах були присутні: Надзвичайний і Повноважний Посол Туреччини в Литві, міністр культури Литви, ректор Вільнюського державного університету, караїми з Польщі. Представник караїмів Росії І. Фуки передав караїмам Литви вітальну адресу від надзвичайного і повноважного посла Литви в Росії, караїма за національністю, Ромуальдеса Козирьовичуса[12].

У 2014 році Пошта Литви випустила марку із зображенням вільнюської кенаси тиражем 40 тисяч примірників[13].

Помилка цитування: Теги <ref> існують для групи під назвою «lower-alpha», але не знайдено відповідного тегу <references group="lower-alpha"/>