Монастир засновано 1088 р. преподобним Христодулом, який прибув на Патмос з острова Кос. Дозвіл на будівництво монастиря було отримано від візантійського імператора Олексія I Комніна, який 11 квітня 1088 року видав Христодулу золоту буллу,[1] що і нині зберігається в монастирському музеї. Місцем спорудження монастиря було обрано пагорб із руїнами храму Артеміди. Один з блоків її храму був використаний як престол для монастирського католікону в ім'я апостола Йоана, прикрашеного фресками (найбільш ранні з них датовані XII ст.).

Христодул став першим ігуменом заснованого ним монастиря і почав його будівництво, що тривало впродовж наступних 19 років. Христодул встановив жорсткі правила в монастирі. За ними було заборонено селитися світським людям на всьому острові Патмос. Виняток було зроблено лише для чоловіків-будівельників. Але попри це через три роки ігумен вже брав робітників, які прибули зі своїми родинами. Ченцям суворо заборонялося відвідувати ці будинки, а той, хто не дотримувався цих правил — піддавався епітимії.

Навколо монастиря за роки будівництва утворилося невелике селище з пасовищами, що поклало початок місту Хора. Монастир регулярно піддавався піратських набігів. Христодул покинув його і повернувся на Кос, де помер близько 1111 року. Попри це монастир продовжив своє існування, пізніше в нього перенесли мощі преподобного Христодула, що зберігаються в каплиці його імені.

Після 1453 р. Патмос, як більшість інших грецьких островів, потрапив під владу турків і виплачував данину турецькому султанові. Втім, і в османську добу монастир продовжував діяти. У 1647 р. ченці відвідали Московію і піднесли в дар царя Олексія Михайловича «чудовий і дивовижний камінь із зображенням Богородиці, що випав з рук ангела в той час, коли євангеліст Іоанн писав своє Євангеліє». Цю реліквію разом із частинкою мощей святого Лазаря було поміщено в Благовіщенському соборі Московського Кремля. У 1770–1774 рр. острів Патмос був зайнятий російським флотом під керівництвом адміралів Олексія і Федора Орлових. Кинджал одного з них зберігається в монастирському музеї[джерело?].

Нині у монастирі мешкає близько 40 ченців, богослужіння відбувається раз на добу з 3 до 6 годин ранку.