Острів отримав свою назву від античного героя Міконоса. Згідно з міфологією Геракл винищив на острові гігантів, тіла яких скам'яніли і перетворилися на скелі острова.

Першими поселенцями острова були єгиптяни, потім крітяни, пізніше за них змінили вихідці з Афін. Міконос не уникнув долі всієї Греції, по ньому також пройшла хвиля завоювань, залишивши свої сліди в архітектурі.

Венеційці завоювали острів в 1207 році і панували тут, поки його в першій половині XVI століття не завоювали турки.

Міконос був звільнений в 1830 році, після війни за незалежність.

 Вітряки на островіДемографія Рік Населення 1971 3,863 1981 5,530 1991 6,179 2001 9,320