До побудови палацу в Бахчисараї резиденція кримських ханів містилася в долині Ашлама-Дере. Коли долина стала тісною для ханського двору, було прийнято рішення збудувати палац в новому місці. Будівництво палацу почалося на поч. XVI ст. під час правління хана Сахіба I Ґерая. Засновник нового палацу побудував мечеть, лазню, зал Дивану, житлові апартаменти, приміщення для гарему, Перський палац із Соколиною вежею, ханські стайні, переніс Демір-Капи з порталом Алоїза де Монтаньяно (Алевіза). Разом із будівництвом палацу почалося будівництво столичного міста Кримського ханства — Бахчисарая.

За однією з кримськотатарських легенд хан заснував палац у місці, на якому побачив сутичку двох змій на березі річки. Одна з них отримала важкі рани, але занурилися у воду та зцілилася. Саме там хан і створив нову резиденцію.

Найдавніші будівлі палацового комплексу — велика Ханська мечеть і лазні Сари-Ґюзель, датовані 1532 роком. Портал Демір-Капи датований 1503 роком, але його було збудовано у палаці в Ашлама-Дере, а згодом перенесено до Хансараю. За час свого існування палац постійно добудовували. За часів Девлета I Ґерая було побудовано ханське дюрбе, за Мухаммед IV Ґерая — лазню із західного боку палацу, за Ісляма III Ґерая — залу зборів і ще одне дюрбе, за Бахадира I Ґерая — додаткове приміщення для офіційних прийомів, а за Каплана I Ґерая — Золотий фонтан (1733). За Селямета II Ґерая було збудовану літню альтанку, за Арслана Ґерая — медресе, і, нарешті, за Кирима Ґерая було збудовано дюрбе Диляри-бікеч, «Фонтан сліз» (1764), а також силами іранського зодчого Омера виконано витончене оздоблення внутрішніх покоїв.

1736 року під час війни Кримського ханства з Росією Бахчисарай захопили війська фельдмаршала Крістофа Мініха. Мініх наказав спалити ханську столицю і палац. Перед цим, однак, він дав капітанові Манштейну доручення зробити опис палацу (він зберігся до наших днів), після чого ханську резиденцію підпалили. Пожежа знищила більшу частину будівель. Згодом палац було майже повністю перебудовано. Відновленням палацу займалися Селямет II Ґерай, а потім Кирим Ґерай.

Після того, як Російська імперія анексувала Крим, палац перебував у віданні Міністерства внутрішніх справ. За цей час його багато разів перебудовували, внаслідок чого будівлі змінили свій первісний вигляд, і було втрачено єдність стилю. Ремонти зазвичай проводилися до приїзду в палац високих гостей. Після ремонтів XIX століття було істотно змінено інтер'єри ханських покоїв.

Професор Кембриджу Е. Д. Кларк стверджував:

  в Бахчисараї росіяни задовольнили свою варварську насолоду руйнування і знищили цілковито цю столицю». Зокрема, ханський палац.[1]  

1787 року палац відвідала Катерина II, 1818 і 1837 роках — Олександр I. У ХІХ ст. палац неодноразово ремонтувався, що призвело до часткової зміни у стилі еклектики його внутрішнього та зовнішнього вигляду, втрати значної частини приміщень, архітектурних деталей та розписів. Напочатку 1850-х років Іннокентій, архієпископ Херсонський і Таврійський, пропонував знести палац, але його пропозиція не отримала схвалення. Під час Кримської війни у палаці містився російський лазарет, що також нанесло суттєву шкоду пам'ятці. 1908 року було ухвалено рішення про створення музею при Ханському палаці і його відкрили для відвідування науковців та гостей. 1912 року палац відвідав Микола II зі своєю сім'єю.

У вересні 1917 року Тимчасовий Кримсько-мусульманський виконавчий комітет ухвалив рішення відкрити у палаці перший національний музейний заклад — музей історії та культури кримських татар — та призначив його директором науковця та художника У. Боданинського[2]. 4(17) жовтня Таврійський губернський комісар призначив його комісаром Ханського палацу. У листопаді 1917 року відбулося урочисте відкриття музею за участі першого демократично обраного Таврійського муфтія Н. Челебіджіхана. 9 і 26 грудня н. ст. 1917 року у Хансараї відбулося перше і останнє засідання установчих зборів кримськотатарського народу, а також перше засідання національного парламенту — Курултаю[3]. Національний музей утримувався значною мірою на кошти кримськотатарського національного уряду — Директорії. Денікінський режим заборонив у серпні 1919 року кримськотатарську національну Директорію, а восени 1919 року призначив на посаду директора музею у палаці статського радника С. Плаксіна.

Після захоплення у листопаді 1920 року Криму більшовиками директором музею у Хансараї знову став У. Боданинський, який займав цю посаду до 1934 р. і перетворив заклад на важливий центр вивчення історії та культури кримськотатарського народу, збереження його культурної спадщини. У 1930-ті роки в музеї була звільнена частина співробітників, згорнуті історичний та етнографічний відділи, а його праця стала носити політизований характер у дусі офіційної марксистсько-ленінської ідеології. З 1955 року це був Бахчисарайський історико-археологічний музей, а з 1979 року — історико-архітектурний музей.

У 1930-ті роки було проведено ремонт палацу, під час якого було забілено вапном зовнішні оздоблення палацу.

У 1961—1964 роках українське науково-реставраційне управління Держбуду УРСР провело першу масштабну наукову реставрацію палацу, під час якої зовнішній вигляд палацу було наближено до первинного. Було знято шари фарби з порталу Демір-Капи, знято пізні нашарування розписів Великої Ханської мечеті, розчищено розписи Омера у Літній альтанці, проведено реставрацію стель Зали Дивану.

З 1980-х років почалися археологічні дослідження Хансарая. Особливого масштабу вони набули з поч. 2000-х років, коли здійснювалися під керівництвом А. Ібрагімової. В результаті вдалося локалізувати точне місцезнаходження низки знищених будівель.

Держава-окупант Росія незаконно проголосила Ханський палац «об'єктом культурного спадку федерального значення». У 2017 р. вона розпочала проводити ремонтно-реставраційні роботи у Хан-Сараї, в результаті яких вже суттєво постраждала найстарша будівля ансамблю — Велика Ханська мечеть. Зокрема, демонтаж її покрівлі здійснювався з допомогою важкої будівельної техніки із застосуванням відбійників, що призвело до вібрацій і втрати частини оздоблення стін. Повністю втрачено автентичну балкову систему перекриття, стелі та шатровий дах. Автентичні дубові балки перекриття демонтовані та розпиляні, їх замінили на сучасні будівельні матеріали; використали бетонний армопояс, що збільшило навантаження на стіни мечеті. Давня ложкова черепиця («татарка») кустарного виробництва на 100 % була замінена на іспанську черепицю заводського виготовлення. При цьому повністю знищено стародавню технологію укладання черепиці на глині та замінено сучасними кріпленнями[4]. Під час ремонту постраждали вітражі будівлі. Існує загроза іншим об'єктам палацово-паркового ансамблю.

У 2019 році міністр культури Євген Нищук заявив, що Україна чекає на моніторингову місію ЮНЕСКО, яка перевірить стан Ханського палацу у тимчасово окупованому Бахчисараї, оскільки держава-окупант — Росія — унеможливила доступ органів влади держави-суверена до цього об'єкта культурної спадщини України[5].

Ханський палац в Бахчисараї ↑ Василь Верига. Нариси з історії України (кінець XVIII — початок ХІХ ст.).— Львів: Світ, 1996.— 448 с.— С. 35. ISBN 5-7773-0359-5 ↑ Іванець А. Кримськотатарський національний рух у період війн і революцій 1917—1920 рр. / Кримськотатарський національний рух у 1917—1920 рр. за архівами комуністичних спецслужб / Упоряд. Іванець А., Когут А. — К.: К. І. С., 2019. — С. 85. ↑ Іванець А. Перший Курултай: від кримськотатарських установчих зборів до національного парламенту (1917—1920 рр.). — К.: ТОВ "Видавництво «КЛІО», 2018. — С. 76. ↑ Аблялімова Е. Бахчисарайський ханський палац: реставрація чи реконструкція // Пам'ятки України: національна спадщина. — 2019. — № 4–6. — С. 81. ↑ Київ чекає на візит місії ЮНЕСКО до Криму для перевірки стану Бахчисарайського палацу