За результатами археологічних досліджень та аналізу писемних джерел можна виділити такі етапи історії городища:

VI–Х століття (частина дослідників вважає, що поселення виникло у Х–ХІ століттях). Засновано у місцевості, де основну частину населення становили алани, масове проникнення яких у Крим почалося в серед. ІІІ століття. На початку цього періоду створено оборонну систему, головною ланкою якої став Середній мур. Він перетинає плато в найвужчому місці та має браму (Орта-Капу, Середня брама). Перед стіною влаштовано рів, вирубаний у скелі, а перед північним флангом муру — ще два коротких рови, які захищали хвіртку, призначену для вилазок. Ущелини в урвищах перегородили короткими стінами. Біля них створили перші печерні приміщення для укриття вартових. Імовірно, у фортеці була християнська базиліка, на що вказують фрагменти ранньовізантійських мармурових архітектурних деталей у муруванні пізньосередньовічних споруд. На схилах плато відомо 3 ранньосередньовічних могильники. На плато матеріалів цього періоду мало. Це, імовірно, пов'язано з тим, що фортецю використовували як прихисток на випадок воєнної загрози і постійно тут перебувала лише невелика залога. Письмові згадки відсутні. ХІ — сер. XIV століття. З'являються писемні джерела про фортецю. Припускають, що перша згадка про фортецю (1253) міститься у творі посланця французького короля Гійома де Рубрука, який повідомляв про «40 замків» між Судаком і Херсоном. У цьому разі це переклад тюркомовної назви «Кирк-Єр/Ор», під яким поселення відоме до XVII століття. Після утворення Кримського улуса Золотої орди Кирк-Єр став ставкою окремого тумену (тьми). Арабський літописець Рукнеддін Бейбарс згадує про пограбування Кирк-Єра 1299 військом золотоординського еміра Ногая. Арабський географ Абу-ль-Фіда (1321) повідомляє, що місцеве населення — аси (алани) — знаходять там прихисток під час воєнної загрози. Гіпотетично в районі брами Кічик-Капу на цьому етапі сформувався християнський печерний монастир — попередник Бахчисарайського Свято-Успенського монастиря; Сер. XIV — XV століття. На початку цього періоду фортецю захопили татари, 1346 споруджено мечеть. У XIV столітті в місті поселилися караїми і створили тут свій торговельно-ремісничий осередок (нове місто). У 1420-х рр. кілька років фортецею володів Девлет-Берди, син Таш-Тимура і дядя майбутнього першого кримського хана. Особливого значення Кирк-Єр набув на початку існування незалежного Кримського ханату. У 2-й пол. 1430-х рр. чи на поч. 1440-х рр. засновник ханату Хаджі Ґерай переніс сюди із Солхата (нині м. Старий Крим) свою головну ставку — місто на кілька десятиліть стає столицею нової держави. Із цього часу на плато з'являється масовий археологічний матеріал. Забудовано територію Старого міста, реконструйовано оборонну систему, перебудовано мечеть (1455), споруджено мавзолей Джаніке Ханим (1437) — доньки хана Тохтамиша і сестри еміра Едигея. Перед Середнім муром з'явився торговельно-ремісничий посад, утворений юдейською (скоріш за все, караїмською) громадою. Із XV століття ханські ярлики згадують про 3 громади в місті: мусульманську, юдейську (більшість — караїми) та християнську. У 1459 року Хаджі Ґерай надав тарханну грамоту всім трьом громадам, тобто звільнив їх від виплат податків і зборів. У тарханній грамоті 1468 року хана Нур Девлет Ґерая мешканцям Кирк-Єра згадані вірмени. Є версія, що у правління першого кримського хана алани, греки та готи були витіснені із Кирк-Єра і фортеця була передана караїмам, проте імовірно тоді розпочався процес залишення міста православними. Хаджі Ґерай та його наступники у 1455—1551 рр. карбували в Кирк-Єрі монети. У 2-й пол. XV ст. у фортеці почали утримувати знатних полонених і послів ворожих держав, так, наприклад, у 1493 році там був ув'язнений посол Великого князівства Литовського і Руського Леж. XVI — 2-га пол. ХІХ століття. На поч. XVI століття хан переїхав у палац — Девлет-Сарай — в урочищі Салачик біля підніжжя скелі, на якій стоїть Чуфут-Кале. Коли в 1-й пол. XVI століття в долині р. Чурук-Су (притока Качі) заснували новий ханський палац, навколо якого виросло м. Бахчисарай, татари почали залишати фортецю. Більшість населення в ній тепер становили юдеї, переважно караїми (яким було заборонено мешкати в Бахчисараї). Близько 1500 року до Криму з Персії переїхав караїмський просвітник Сінан Бей-Ходжа, який до смерті у 1551 році займався навчанням караїмів, іноді насильницькими методами. Його нащадки до сер. XVIII століття служили Ґераям, керували кінським і монетним дворами, мали почесний титул «ага» та очолювали караїмську громаду фортеці. У ханський період караїми користувалися внутрішньою судовою автономією. У середині XVII століття почали вживати нову назву міста — Чуфут-Кале, буквально «Юдейська/Єврейська фортеця» (у російських джерелах — «Жидовский городок»). У цей період споруджено Східний мур із брамою Біюк-Капу (Велика брама). Ще О. Бертьє-Делагард на основі фортифікаційних особливостей муру відносив його створення до XVI століття, що узгоджується з даними новітніх розкопок. Із цього часу бурхливо розвивалася житлова забудова як старої, так і нової, частин. Фортеця зберігала своє воєнне значення: так, 1628 тут під час міжусобної війни витримали облогу хан Мегмед Ґерай III та його брат калга-султан Шагін Ґерай. У XVII столітті кримські хани продовжували тримати в Чуфут-Кале важливих бранців, серед них польського гетьмана Миколая Потоцького (сер. століття), московських боярина Василя Бутурліна та князя Андрія Ромадановського (друга пол. століття). У другій пол. XVII століття, за повідомленням турецького мандрівника Евлія Челебі, вся адміністрація міста була караїмською («юдейською»). На той момент його, ймовірно, вже залишила не лише більшість татар, а й вірменів. Чуфут-Кале перетворився на духовний і культурний центр кримських караїмів. У 1731 році вони у його стінах відкрили першу в Криму типографію, яка з 1734 року почала друкувати книжки переважно на івриті. На сер. ХІХ століття у фортеці було 300 будинків та близькь 1600 жителів[1]. У другій пол. ХІХ століття мешканці цілком залишили поселення, оскільки після анексії Криму (1783) було скасовано заборону караїмам жити в Бахчисараї. У 1844—1867 роках у Чуфут-Кале діяла караїмська школа, яка мала сприяти утриманню жителів у місті. Одним з останніх його мешканців був газзан, дослідник та колекціонер А. С. Фіркович (1786/87–1874), який переїхав туди з Луцька. Він висував плани переселення у місто караїмів із Литви чи суботників із Персії, але реалізувати їх не вдалося. Релігійний центр караїмів у ХІХ ст. було перенесено з Чуфут-Кале до Євпаторії.↑ Дюличев В. П. Рассказы по истории Крыма. — Симферополь: «Бизнес-информ», 1996. — С. 123.