Прапор британської адміністрації Гельголанду, 1807—1890

Острів був населений, починаючи з доісторичних часів. Під водою біля острова були знайдені доісторичні мідні пластини, які майже напевно були зроблені в Оберланді.

У 697 році Радбод, останній фризький король, залишив тоді ще єдиний острів після його поразки від франків.

Традиційне господарство складалося з риболовлі, полювання на птахів і проведення суден. Окрім того, у деякі періоди Гельголанд був чудовим базовим пунктом для лову оселедців. Через це до 1714 року острів декілька разів переходив від Данії до герцогства Шлезвіг та Гамбургу. У серпні 1714 року його захопила Данія і володіла ним до 1807 року.

У 1807 році острів перейшов до Великої Британії під час Наполеонівських воєн. Він став центром контрабанди і шпигунства проти Наполеона. Тисячі німців втекли до Британії і Королівського німецького легіону через Гельголанд. У 1826 році Гельголанд офіційно став «морським курортом» і незабаром перетворився на популярний туристичний центр. Острів також привертав художників і письменників, особливо з Німеччини і навіть Австрійської імперії, наприклад Генріха Гейне. Він був притулком для революціонерів у 1830 і 1848 роках.

Гофман фон Фаллерслебен у 1841 році написав на тоді британському острові Гельголанд текст «Пісні німців». Пізніше вона стала гімном Німецької Держави. У 1933 році гімном Третього Рейху стала тільки перша строфа (за якою виконувалася «Пісня Хорста Весселя», що офіційно не вважалася частиною гімну; в 1945 році заборонена Контрольною радою). Тепер третя строфа є гімном об'єднаної Німеччини.

 Вигляд Гельголанду з висоти пташиного лету 1890—1900

Велика Британія відмовилась від островів на користь Німецької імперії у 1890 за Занзібарським договором, тоді ж вона відмовилась від своїх інтересів на Мадагаскарі на користь Французької республіки, натомість ці країни визнавали інтереси Англії в Занзібарі.

 Гельголанд у 1929/30

Під владою Німецької імперії острови стали головною військово-морською базою, і протягом Першої світової війни цивільне населення було вивезене на материк. Острів'яни повернулися в 1918 році, але протягом нацистського періоду військово-морська база була відновлена.

З 1945-го до 1952 року ненаселені острови використовувалися як склад для бомб. 18 квітня 1947 року битанський флот підірвав 6,800 тонн вибухових речовин у тротиловому еквіваленті. Ця подія відома як «Великий удар» або «Британський удар» і є найбільшим неядерним вибухом в історії людства.

У 1952 році на островах була відновлена юрисдикція Німеччини, якій довелося очистити величезну кількість не підірваного боєзапасу на головному острові й відбудувати будинки перед тим, як повернути населення. Нині Гельголанд є курортом і має статус вільної зони, оскільки він — частина ЄС, але не є членом митного союзу, тому економіка ґрунтується на продажі цигарок, алкогольних напоїв, парфумів і туризмі.