Дата заснування ФК «Санкт-Паулі» - 15 травня 1910 року, але по-справжньому самостійною команда стала в 1924, коли була виділена зі складу спортивного товариства Hamburg-St. Pauli Turnverein 1862» («Гімнастичне товариство Гамбург-Санкт-Паулі 1862»). Аж до закінчення Другої світової війни Санкт-Паулі був «командою-ліфтом», що кочувала зі змінним успіхом між першою і другою лігами. Однією з причин такої нестабільності було те, що команда просто не мала тренера.

Перші два сезони після закінчення війни (1945/46-1946/47) клуб виступав в Міській Лізі Гамбурга. Наступні 16 сезонів (1947/48-1962/63) "Пірати" грали в дивізіоні Оберліга Норд. Потім було зниження в класі в дивізіон Регіональліга Норд (сезони 1963/64-1973/74), а три наступних сезони (1974/75-1976/77) команда провела в новоствореній Другій Бундеслізі Норд. І, нарешті, у сезоні 1977/78 команда грає у Першій Бундеслізі і за підсумками сезону посідає 18 - те місце, а значить знову знижується у класі. Після свого дебютного сезону в еліті німецького футболу «Санкт-Паулі» ще 6 разів виступали у Бундеслізі. Найтривалішим виступом клубу у вищому дивізіоні були три сезони 1988/89-1990/91. А найбільшим успіхом за цей час стало 10 - те місце, зайняте командою у сезоні 1988/89. Починаючи з сезону 2007/08, клуб з Гамбурга виступає у Другій Бундеслізі. За тур до закінчення сезону 2009/2010 Другої Бундесліги, «Санкт-Паулі», посівши друге місце, знову забезпечив собі путівку до найсильнішої ліги німецького футболу.

У 2010 році клуб святкував своє сторіччя. На честь цієї дати учасники фан-клубу 18auf12 записали пісню під назвою One Hundred beers[1] (укр: Сотня пива).