Den nuvarande ridskolan grundades 1729, men själva verksamheten har anor ända från 1572 då den grundades som en ridakademi knuten till det habsburgska hovet där adelsmän kunde utbilda sig i den klassiska ridkonsten. År 1580 grundades även stuteriet Piber för att avla fram de vita lipizzanerhästarna som används under föreställningarna. Fram till 1729, när den nuvarande byggnaden, Vinterridskolan, började byggas var skolan inhyst i en träbyggnad intill det kejserliga palatset.

1729 grundades den Spanska hovridskolan officiellt och byggandet av Vinterridskolan påbörjades på order av kung Karl VI. Vinterridskolan ritades som en del av Hofburgpalatset av arkitekten Josef Emmanuel Fischer von Erlach och stod färdigt 1735. Under den här tiden fanns det flera högklassade ridakademier över hela Europa men Spanska hovridskolan var den enda som överlevde Tysklands och den ungersk-österrikiska dubbelmonarkins sammanbrott år 1918.

Under andra världskriget var Spanska hovridskolan säker från de bombningar som skedde runt om i Europa. Stallet blev då en fristad för de evakuerade hästarna från stuterierna i Österrike, Slovenien och Ungern. En stor del av lipizzanerhästarna hade dock förts bort av tyskar. En räd mot tyskarna gjordes 1945 med hjälp av den amerikanska armén och generalen George S. Patton, som var en gammal ridsportsutövare och god vän med den dåvarande föreståndaren för Spanska hovridskolan, Alois Podhajsky. Tack vare denna räd kunde flera hästar återföras till Österrike. På 60-årsdagen för räden, år 2005, hyllade man general Patton genom att hålla en massiv turné med uppvisningar i USA.

Den Spanska hovridskolan har alltid varit en stor turistattraktion med uppvisningar i traditionell och klassisk ridkonst. Under 2007 meddelade ridakademin att Spanska hovridskolan hade stora ekonomiska problem och var hotade av konkurs. För att få bukt med problemet ökade man antalet föreställningar och turnéer runt om i världen. Samtidigt lade man upp en plan för att odla hästarnas havre och hö själva.

I augusti 2008 skedde även ytterligare en förändring när man för första gången tog emot kvinnliga elever på ridskolan.