Samarkand är en stad med en lång historia. Den grundades av den persiske storkungen Kyros II på 500-talet före Kristus. Under antiken var den för grekerna känd under namnet Marakanda, och var en viktig länk för handeln mellan Persien och Centralasien. Staden intogs och förstördes av Alexander den store 329 f.Kr. På 700-talet intogs staden av araberna, och därefter perser. Det var länge en viktig handelsplats vid sidenvägen och var huvudstad i Persien i början av 1200-talet men förstördes 1221 av mongolerna under Djingis khan. Senare blev Samarkand huvudstad i Timur Lenks rike. Under en tid var staden en viktig del av ett uzbekiskt rike som kallas Bucharaemiratet.

Den blev rysk år 1868 och 1924 huvudstad i den uzbekiska sovjetrepubliken. Den ersattes dock 1930[1] av Tasjkent som numera är huvudstad i Uzbekistan. Samarkand är en av de främsta kulturstäderna i Centralasien som en gammal persisk huvudstad. Ännu idag talar majoriteten av invånarna i staden tadzjikiska - ett språk som är en variant av persiska. Den tadzjikiska dialekt som talas i Samarkand och Bukhara med kringliggande byar avviker från standarddialekten som talas i Tadzjikistan.

Samarkand är känd för sin arkitektur. Från Timur Lenks ättlingars tid finns flera monumentala religiösa byggnader, smyckade med bladguld; bland annat tre madrassa runt torget Registan.

Det är huvudsakligen ett jordbruksområde med konstbevattningar, men även tung industri är tämligen viktig näring. De producerar huvudsakligen bomull, siden och livsmedel. Turistnäringen har fått ökad betydelse under senare år.