Namnet Odense kommer från Odins Vi, ungefär "Odens helgedom", och är en referens till nordisk mytologi. Det är en av Danmarks äldsta städer, och firade tusenårsjubileum 1988.

Den första kyrkan byggdes omkring år 1000 ungefär där Albani torv nu ligger. Omkring år 1022 blev Odense biskopssäte. Kung Knut den helige hade beslutat att bönderna skulle medverka i ett krigståg till England vilket utlöste uppror. Kungen sökte skydd Albanikyrkan i Odense men den 10 juli 1086 blev både han och hans bror Benedict mördade i kyrkan. Efter detta uppkom en kult och 1101 en så kallad skrinläggning gjordes varvid relikerna överfördes till ett relikskrin. Domkyrkan var under medeltiden ett populärt pilgrimsmål. Odense domkyrka, Sankt Knuts kyrka (på danska Sankt Knuds Kirke), är naturligtvis uppkallad efter honom.[1] Denna kyrka är idag domkyrka för Fyns stift.

I domkyrkan finns ytterligare kungar begravna: Erik Lamm, Hans och Kristian II. 1157 förstördes staden vid ett anfall från venderna och även 1247 under inbördeskriget mellan Abel av Danmark och Erik Plogpenning.

Även vid det dansk-svenska kriget 1658-60 blev Odense åtgånget när staden intogs av svenskarna den 31 juli 1658.

Staden fick ett uppsving när man i början av 1800-talet byggde en kanal från Odensefjorden och anlade en hamn. Odense har idag en av Danmarks största hamnar. I början av 1800-talet inleddes en försiktig industrialisering, bland annat genom grundandet 1836 av M.P. Allerups Jernstøberi, som gjorde att staden bredde ut sig. 1851 revs stadsportarna för att ge plats åt husbyggen. 1865 fick Odense järnvägsstation när man drog järnväg över Fyn.

Odenses mest kända landmärke var Odinstornet som var Europas högsta torn efter Eiffeltornet. Tornet invigdes den 29 maj 1935 och var 175 meter högt. Tornet blev populärt bland turisterna som bland annat kunde besöka någon av tornets tre serveringar. Tornet sprängdes av en tyskvänlig sabotagegrupp den 14 december 1944 och byggdes aldrig upp igen.[2]