Sandstensberget är från början bildat av sten, sand och lera från vatten på väg ner i Egeiska havet. Berget splittrades med tiden och jordskalv, vind och regn skulpterade fram de höga klipporna.

Man tror att eremiter och asketer började bosätta sig i grottor och enkla hyddor i området på 1000-talet. Mot slutet av 1100-talet byggdes en liten kyrka vid foten av en av klipporna där munkarna bosatt sig.[1] Under det oroliga 1300-talet, i samband med turkarnas expansion, sökte sig munkar från klostren i öster, i Athos, till det mer oåtkomliga Meteora i centrala/norra Grekland.[2] Det första klostret bygges omkring 1340 av munken Athanasios på en klippa han kallade Megalo Meteoron (Stora Meteoron) och detta kloster gav sedan namn åt hela området.[3][4] Kloster efter kloster byggdes sedan under i det närmaste omöjliga förhållanden fram till slutet av 1500-talet.[2] Klosterlivet fortsatte att blomstra fram till 1600-talet.[1]

Vägar och trappor upp till kostren saknades helt, vilket gjorde att såväl människor och material som mat antingen hissades upp eller transporterades upp via stegar. I början av 1900-talet anlades vägar och trappor så att klostren blev mer lättillgängliga.[2]

Under andra världskriget och under det efterföljande grekiska inbördeskriget for klostren mycket illa.[3]