Vy över kyrkans mittskepp i riktning mot högkoret och kyrkans ambulatorium. Peter I:s grav. Detalj av Ines de Castros grav med Kristus sittande vid den yttersta domen. Kungagravarna i klostret. Graven i förgrunden dekorerad med apostlarna, hör till drottning Urraca. Valv och ingång till sakristian utförd i Manuelino-stilen. Korsgång och kyrkan i klostret. Vattendamm i renässansstil i det gotiska fontänhuset i korsgången.

Klostret i Alcobaça Monastery är ett av de första av cistercienserordens kloster i Portugal. Det grundades 1153 som en gåva till Bernard av Clairvaux, kort före hans död, från Portugals första kung, Afonso Henriques, till firandet av hans seger över morerna i Santarém i mars 1147. Grundandet av klostret var en del av Alfonso Henriques strategi att konsolidera sin ställning i det nya kungariket och stödja kolonisation av områden som nyligen erövrats från morerna under Reconquistan.

Byggandet av klostret kom igång 1178, cirka 25 år efter cisterciensermunkarnas ankomst till Alcobaça. Munkarna bodde från början i trähus, och flyttade till klostrets stenbyggnader först 1223. Kyrkan stod klar 1252. Den färdiga kyrkan och klostret var de första riktigt gotiska byggnaderna i Portugal och kyrkan var den största i Portugal. Den sista handen i byggandet gjordes i slutet av 1200-talet då kung Dionysius I av Portugal beställde byggandet av Tystnadens korsgång.

Munkarna vigde sina liv till religiös meditation och skapandet av illuminerade manuskript i klostret scriptorium. Munkarna från klostret producerade en tidig auktoritativ historia om Portugal i en serie böcker. Biblioteket i Alcobaça kom att bli ett av de största av Portugals medeltida bibliotek, men plundrades av invaderande fransmän 1810, och många föremål stals under ett antiklerikalt uppror 1834, då religiösa ordnarna i Portugal upplöses. Resterna av klosterbiblioteket, däribland hundratals medeltida manuskript innehas idag av Portugals nationalbibliotek i Lissabon.

Under medeltiden, blev klostret snabbt ett betydelsefull och mäktig närvaro i Portugal. Klostret ägde och utvecklade extensiva jordbruksområden och dess abbot utövade sitt inflytande över ett stort område. En offentlig skola öppnades 1269. Klostrets betydelse kan mätas genom det faktum att många kungligheter begravdes här på 1200- och 1300-talen. Kungarna Alfons II, Alfons III och deras drottningar Urraca av Kastilien och Beatrice av Kastilien är begravda här, liksom kung Peter I och hans älskarinna, Inês de Castro, som mördades på uppdrag av Peters far, Alfons IV. Efter att blivit krönt till kung, beställde Peter två magnifika gotiska gravar för honom och hans älskarinna, som båda kan ses inne i klosterkyrkan.

Under Manuel I:s styre, fick klostret en andra våning och en ny sakristia, vilka följde den karaktäristiska portugisiska sengotiken känd som "Manuelinostilen". Klostret utvidgades ytterligare på 1700-talet, då en ny klostergång och ett torn till kyrkan byggdes, även om större delen av de medeltida strukturerna bevarades. Under barockens era, var munkarna kända för sina lerskulpturer, av vilka många ännu kan ses inne i klostret. Omsorgsfullt utförda kakelbeklädningar och altartavlor fulländande dekorerandet av kyrkan.

Jordbävningen i Lissabon 1755 orsakade inte någon större skada på klostret, men delar av sakristian och några mindre byggnader blev förstörda. Större skador orsakade däremot e invaderande franska trupperna under Spanska självständighetskriget i början av 1800-talet. Förutom att roffa åt sig i biblioteket, plundrade de gravar samt stal och brände delar av kyrkans inre dekorationer. 1834, då klostren upplöstes i Portugal, tvingades de sista munkarna lämna klostret.

Idag, är klostret i Alcobaça ett betydande historisk turistdestination i Portugal.