Byggandet av de ceremoniella byggnaderna i El Tajín påbörjades omkring det första århundradet och nådde en topp under senare klassiska eran, ungefär mellan år 600 och 900[1]. Tidiga klassiska Tajín uppvisar påverkan av Teotihuacán; tidig postklassicism visar betydande toltek-influens. Byggandet fortgick till ungefär början av 1200-talet, vid vilken tid, enligt traditionen, staden erövrades och brändes ned av en chichimekisk invasion. Platsen förblev bebodd efter detta av en mindre befolkning, men inga nya större byggnadsprojekt drogs igång. Platsen hade övergetts helt, när spanska conquistadorerna ankom i början av 1500-talet.

1785 besökte ingenjören Diego Ruiz platsen, då övervuxen med vegetation, och publicerade den första beskrivningen av den. I början av 1800-talet besöktes den av Guillermo Dupaix, Alexander von Humboldt och Carlos Nebel, som publicerade ytterligare underlag. Den första arkeologiska utgrävningen av området gjordes av Jose Garcia Payon mellan 1943 och 1963. Mexikanska institutet för antropologi och historia har gjort ytterligare restaureringar under 1980-talet.