Från ungefär år 1000 före Kristus fanns det hällristningar i Twyfelfontein. Det området är förklarat för världsarv. Bantuexpansionen nådde området under 1300-talet.

Den portugisiska sjöfararen Diogo Cão nådde Cape Cross norr om nuvarande Swakopmund i Namibia 1482. Under 1700-talets sista år sökte sig grupper av oorlamfolk norrut från den nykoloniserade Kapkolonin. Migrationen var till en början fredlig, men 1880 bröt Nama-herero-kriget ut mellan oorlamfolk och hereroinvånarna i vad som i dag är norra Namibia.

Tyska Sydvästafrika var mellan 1884 och 1915 en tysk koloni där tyskarna upptäckt diamanter. Den motsvarade dagens Namibia. Den tyska koloniseringen av Namibia började då Adolf Lüderitz gav i uppdrag att köpa upp bukten Angra Pequena, dagens Lüderitzbucht från namahövdingen Josef Frederick för kostnaden av 100 engelska pund och 200 gevär. 1884 ställdes området under det Tyska rikets beskydd. Den första officiella flagghissningen ägde rum 7 augusti 1884.

Den 12 januari 1904 reste hererofolket, under ledning av Samuel Maharero, sig i uppror mot det tyska kolonialstyret. I augusti lyckades den tyska generalen Lothar von Trotha slutgiltigt besegra dem i slaget vid Waterberg, varefter han lät driva ut dem i Omahekeöknen, där de flesta törstade ihjäl. I oktober samma år gjorde även Namaquafolket revolt mot tyskarna, och behandlades på samma sätt. Sammanlagt dödades 65 000 (80 procent av hela folkgruppen) Herero och 10 000 Namaqua (50 procent av hela folkgruppen). Svältdöd och förgiftande av vattnet i brunnarna var karaktäristiskt för folkmordet. Först 2021 erkände Tyskland dessa händelser som ett folkmord.

Sydafrika ockuperade den tyska kolonin Tyska Sydvästafrika under första världskriget. Vid Versaillesfreden 1919 beslutades det att Tyskland omedelbart skulle fråntas alla sina kolonier, och då fredsavtalet trädde i kraft den 10 januari 1920 ställdes området under sydafrikansk förvaltning som ett NF-mandat och fick namnet Sydvästafrika. Efter andra världskriget annekterades territoriet av Sydafrika. Annekteringen mötte inte internationellt erkännande.

Den 27 oktober 1966 förändrades det internationella läget dramatiskt, då FN:s generalförsamling röstade igenom resolution 2145 som formellt avslutade NF-mandatet för Sydvästafrika.[1] Samma år påbörjade SWAPO en storskalig väpnad kamp för territoriets självständighet i vad som kom att kallas sydafrikanska gränskriget. 1968 röstade Generalförsamlingen igenom en officiell namnändring på territoriet till Namibia genom resolution 2372.[2] Istället för att släppa taget påbörjade de sydafrikanska nationalisterna en implementering av Odendaalkommissionens förslag: Att införa bantustaner även i Sydvästafrika, något som mötte kraftigt fördömande runtom i världen. År 1971 fastslog Internationella domstolen i Haag att all fortsatt sydafrikansk närvaro i Sydvästafrika var olaglig, att Sydafrika hade en skyldighet att omedelbart dra sig ut ur Sydvästafrika och att FN:s medlemsstater inte skulle erkänna några handlingar som Sydafrika utförde å Sydvästafrikas vägnar.[3] År 1976 erhöll SWAPO observatörsstatus i FN:s generalförsamling som den enda rättmätiga representanten för det namibiska folket vilket ytterligare underminerade sydafrikanska anspråk på territoriet.[4]

Först 1988 erkändes självständigheten av Sydafrika. Två år senare, den 21 mars 1990, blev landet formellt självständigt och därpå följde demokratiska val.[förtydliga] SWAPO:s partiledare Sam Nujoma blev i mars 1990 Namibias första president. Staden Walvis Bay var en exklav till Sydafrika och var officiellt en del av Kapprovinsen. Walvis Bay överfördes till Namibia den 1 mars 1994.