Korsika på en medeltida karta av Piri Reis.

Det är oklart när Korsika först befolkades. De äldsta arkeologiska spåren av bosättning härrör från 2000-talet f.Kr., och utgörs av resta stenar och megalitgravar. Traditionen att resa megalitgravar fortsatte in i bronsåldern. De mycket speciella resta stenarna med ansikten i trakten av Filitosa på sydvästra delen av ön uppfördes omkring 1500 f.Kr. Under samma tid uppfördes de murade stentornen, torri på södra delarna av ön. Stentornen som har sin motsvarighet på Sardinien tyder på ett inflytande därifrån.[1]

Korsika beboddes enligt de äldsta historiska källorna av en ligurisk stam som från 500-talet före Kristus fick konkurrens från etrusker och grekiska kolonisatörer. Grekiska kolonisatörer från Fokaia grundade kolonin Alalia på Korsika omkring 566 f.Kr., men fördrevs därifrån av etrusker och karthager på 530-talet f.Kr.[1]

De gamla grekerna kallade ön för Kyrnos.[2] Ön stod under Karthagos inflytande och dominans till 237 f.Kr., då den togs över av Romerska republiken. Den förblev under romerskt styre tills den erövrades av vandaler år 430 e.Kr., därefter av ostrogoterna. Senare erövrades den av Bysantinska riket år 522. När den bysantinska överhögheten kollapsade kom ön under inflytande av olika grupper däribland lombarder, innan araberna vann insteg på Korsika på 700- och 800-talen. Från 1000-talet försökte de italienska feodalherrarna i Italien vinna insteg på ön men deras inflytande inskränkte sig främst till städerna. I slutet av 1000-talet lyckades dock Pisa att befästa sin makt på ön, men utkonkurrerades på 1100-talet av Genua, som efter slaget vid Meloria 1282 mot Pisa kunde ta full kontroll över ön. Förutom perioder då den togs över av Aragonien mellan 1296 och 1434 och Frankrike mellan 1553 och 1559 förblev ön under genuesisk kontroll till den köptes av Frankrike 1768. Under korta perioder i slutet på 1700-talet var ön under brittisk kontroll, då de ville ha en strategiskt viktig militärbas mot Frankrike.[3]

1729 revolterade korsikanerna mot Genua i syfte att vinna självständighet och 1736 erkändes den tyske äventyraren Theodor von Neuhoff som kung över ön. Med fransk hjälp slogs dock upproret ned.[4]

En viktig person i Korsikas historia är Pasquale Paoli (1725–1807), en korsikansk general som stred för korsikansk självständighet, först mot Genua och sedan mot Frankrike. Åren 1755–1769 var Korsika en oberoende republik. 1789 införlivades ön med Frankrike.[5] En annan viktig person är Napoleon Bonaparte, som föddes i staden Ajaccio. Napoleon som blev fransk kejsare försökte under lång tid att förbättra för Korsika.[3]

Efter Frankrikes sammanbrott 1940 kom Korsika att styras av Vichyfrankrike fram till 1943 då ön befriades av fria franska trupper understödda av italienska förband. Det var det första franska området som befriades under andra världskriget. Ön fick stor betydelse som utgångspunkt för flyganfall framför allt mot den tyskockuperade delen av Italien. USA anlade flera flygbaser där och ön fick smeknamnet "USS Corsica".

Under den franska statskrisen 1958 landsattes franska fallskärmssoldater från Algeriet på Korsika den 24 maj.

Sedan mitten av 1970-talet har flera separatiströrelser varit aktiva på Korsika. Den mest framträdande har varit Fronte di Liberazione Naziunale di a Corsica (FLNC).

Som region i Egentliga Frankrike (France métropolitaine) intar Korsika en särställning. Vid regionreformen 1982 fick ön större ekonomiska befogenheter än övriga regioner. 1991 fick Korsika särskild status som territoriellt förvaltningsområde (collectivité territoriale) med en egen parlamentarisk församling och eget exekutivt råd. Eftersom man trots detta inte fick någon egen lagstiftande makt, blev Korsika ingen regelrätt autonom region. 2001 blev det möjligt att lära ut korsikanska i skolan, en unik ställning för ett franskt minoritetsspråk. 2003 avvisades ett förslag om ytterligare autonomi i en lokal folkomröstning.