Bora Bora beboddes troligen av polynesier redan på 400-talet. Ön upptäcktes 1722 av nederländske Jakob Roggeveen och återupptäcktes 1769 av brittiske James Cook denne landsteg dock först år 1777. Ön besöktes 1786 av franske Louis Antoine de Bougainville under dennes resa bland Sällskapsöarna. 1842 blev ön ett franskt protektorat och 1903 införlivades ön tillsammans med övriga öar inom Franska Polynesien i det nyskapade Établissements Français de l'Océanie (Franska Oceanien). Under andra världskriget blev ön en central försörjnings- och underhållssplats för USA efter Japans attack på Pearl Harbor.

År 1978 spelade Jan Troell in filmen Orkanen på Bora Bora.

30 år senare, 2008, filmades filmen Trubbel i paradiset, med bland andra Malin Åkerman, på Bora Bora.