Annecy ligger precis mitt emellan Genève och Chambéry och dess historia från 900-talet till 1300-talet är starkt påverkad av dessa två städers historia. Annecy lydde under Grevskapet Genève och blev dess huvudstad då grevarna slängdes ut ur sin huvudstad på 1200-talet efter strider med biskoparna.

Efter att familjen de Genève dött ut 1394 (dess siste representant blev motpåven Clemens VII) integrerades grevskapet med huset Savojens ägor 1401. 1444 upphöjdes det till ett av Savojens apanage och Annecy blev huvudorten i den region som omfattade deras ägor Genevois, Faucigny och Beaufortain. Efter kalvinismens seger i Genève på 1500-talet flyttade biskopsstiftet och de katolska ordnarna till Annecy 1535. Staden blev motreformationens huvudstad under ledning av Frans av Sales.

Under franska revolutionen och napoleontiden blev Annecy åter en del av departementet Mont-Blanc, vars huvudort var Chambéry. Under restaurationen blev staden åter en av huset Savojens ägor. När Savojen åter blev en del av Frankrike 1860 blev Annecy huvudort i det nya departementet Haute-Savoie.