Akroterion med Zeus-templet i bakgrunden

Bosättning i området är känd från bronsåldern. Staden kan ha fått sitt namn efter myten om Azan, en av Arcas och nymfen Eratos tre söner, Frygiernas legendariska anfader.[1][2] Under den hellenistiska eran bytte staden ägare mellan Pergamon och Bithynia innan den testamenterades till Rom av den förstnämnda år 133 f.Kr. Efter att ha blivit en del i provinsen Asia fortsatte staden prägla sina egna mynt.[3] De monumentala byggnaderna daterar sig från tidigare delen av Romarrikets era till 200-talet. Aizanoi var biskopssäte under Bysantinska riket. På 600-talet kom staden dock i en nedgångsfas. Senare under seldjukerna omvandlades tempelkullen till ett citadell (turkiska: hisar) av Çavdartatarerna, efter vilka den nutida staden Çavdarhisar har fått sitt namn.[3][1][2] Aizanoi återupptäcktes av europeiska resenärer 1824. Undersökningsarbeten på 1830- och 1840-talet följdes av systematiska utgrävningar av Deutsches Archäologisches Institut från 1926. Dessa återupptogs 1970 efter en tids avbrott och pågår än idag.[3][1][2]