Arkeologët hamendësojnë se në Hokaido u vendosën fiset Ainu, Nivkhe, dhe Oroke para 20.000 vjetësh.[1]. Janë trashëguar shumë toponime në gjuhën Ainu ndër ta edhe kryeqëndra Sapporo. Vendbanimet e para japoneze u shfaqën aty nga shekulli XV, në jug të ishullit dhe shërbenin si vende tregtie. Në gjysmën e dytë të shekullit XIX Hokaido u kolonizua nga japonezët. Në këtë kohë iu vu edhe emri me të cilin e njohim sot. Kryeqendra Sapporo u themelua në vitet 1860-1870 dhe popullsia e ishullit u rrit nga 58.000 në 240.000 banorë.

Për një kohë fare të shkurtër gjatë luftës së Boshinit në 1868 një grup i udhëhequr nga Enomoto Takeaki pretendoi ta quajë ishullin "Republika e pavarur e Ezos", por kryengritja u shtyp në maj të po atij viti. Pas periudhës Mejzhi Hokaido mbeti i ndarë në katër rajone.

 Imazh satelitor i Hokaidos (2001)^ Japan Handbook, p. 760