Januarja 1779 je odprava, ki ji je poveljeval Juan de la Piedra, odkrila zaliv San José in pristala na sedanji plaži Villarino.

Sir Love Jones-Parry, baron iz Madryna, je bil eden od petih vplivnih mož, ki so bili imenovani za skrbnike Društva za izseljevanje v Liverpoolu, z mislijo, da bodo delovali kot vez med Društvom in argentinsko vlado za ustanovitev valižanske kolonije. Leta 1862 sta bila Love Jones-Parry in Lewis Jones nominirana za potovanje v Argentino v imenu Društva za izseljevanje, da bi se pogajala z argentinskim ministrom za notranje zadeve Guillermom Rawsonom in pregledala možna lokacije za valižansko naselje. Diplomatske izkušnje Love Jones-Parryja naj bi bile med pogovori koristne. Za pot je prispeval tudi 500 funtov.

Po sklenitvi sporazuma z argentinsko vlado sta Love Jones-Parry in Lewis Jones iz majhne ladje z imenom Candelaria iz Buenos Airesa odplula na raziskovalno potovanje po deželah Patagonije, ko ga je nevihta prenesla v zaliv, pozneje znan kot Golfo Nuevo. 7. februarja 1863 se še danes spominjamo kot trenutka, ko je baron Madrynski stopil na obale, kjer stoji sedanje mesto Puerto Madryn, imenovano njemu v čast.

Začetek kasnejšega mesta se je zgodil 28. julija 1865, ko je na obale na jadrnici Mimosa prispel prvi kontingent 150 Valižanov. Naseljenci tam niso mogli ostati, ker niso imeli pitne vode. Iskali so boljše pogoje proti reki Chubut. Naselje je zraslo šele v 1880-ih kot rezultat prihoda železnice, ki ga je povezovala s Trelewom.[1] V zgodnjih 1880-ih je argentinska vlada zahtevala gradnjo skladišč v pristanišču.

 

Spomenik Valižanki, v središču mesta s pogledom na obalo.

Leta 1886 se je začela graditi železnica Ferrocarril Central del Chubut, ki je leta 1888 zaključila gradnjo, ki je povezovala Puerto Madryn z mestom Trelew in v katero posega delo večinoma valižanskih, španskih in italijanskih priseljencev. Postaja Puerto Madryn je bila zelo pomembna in je imela več objektov, kot so velike lope, skladišča, obvozi in železniške delavnice.[2]

Rast mesta je povzročil razvoj železniške in pristaniške dejavnosti, ki je podpirala storitveni sektor, kot so skladišča in trgovine. Proga je imela glavno vlogo v tem mestu in od nacionalizacije je tu imela sedež tudi nacionalna družba Ferrocarriles Patagónicos. Že leta 1888 je Luis Jorge Fontana notranjega ministra opozoril na potrebo po rezervaciji zemljišč v Puerto Madrynu glede na prihodnji pomen, ki ga bo železnica pridobila. Predlagal je, da se sprejmejo previdnostni ukrepi, da se »podjetju prepreči, da bi zaseglo in monopoliziralo zemljišče ob pristanišču« in da se mu dodelijo le »potrebne parcele za postaje, delavnice, skladišča itd.«; v nasprotnem primeru bo »vlada kasneje prisiljena razlastiti ta zemljišča« za veliko višjo vrednost, »da bi v njih začrtala mesto, ki bi se nedvomno moralo na tem mestu pojaviti«. Prva urbana postavitev Puerto Madryn, ki je naročila gradnjo mesta, je bila izvedena okoli leta 1906

Do leta 1961 je bila železnica trajno ukinjena. Vendar so se spremembe nadaljevale tudi v 1970-ih: ko so bile carinske oprostitve odpravljene, so pomorska podjetja, ki so delovala v pristanišču, izginila. Tako se je pojavil turizem kot vir dohodka za območje, ki do zdaj ni bilo upoštevano v tradicionalnih turističnih krogih. V tem času so se ustanovile tudi nove industrije, na primer tovarna aluminija Aluar.

Te spremembe so privedle do stabilne rasti prebivalstva in večjega izvajanja storitev v regiji.