Medtem ko je zmaga Vijayabahuja I. in premik kraljestva v bolj strateško Polonnaruwo pomembna, je pravi "Heroj Polonnaruwe" v zgodovinskih knjigah dejansko Parakramabahu I. Njegova vladavina velja za zlato dobo Polonnaruwe. Trgovanje in kmetijstvo sta cvetela pod pokroviteljstvom kralja, ki je bil tako vztrajen, da nobena kapljica vode, ki je padla z neba, ne bi bila zapravljena in da bi se vsaka uporabila za razvoj zemlje. Zato so se v tem času gradili namakalni sistemi, ki do danes zagotavljajo vodo, potrebno za gojenje riža v času suhega obdobja na vzhodu države. Največji sistem je Parakrama Samudra ali morska Parakrama. Kraljestvo Polonnaruwa je bilo v času kralja Parakramabahuja I. popolnoma samozadostno.

Razen njegovega neposrednega naslednika Nissankamalla I., so bili vsi ostali monarhi Polonnaruwe nekoliko šibki in so bili nagnjeni k izbiri bojev na svojem dvoru. Prav tako so se lotili oblikovanja bolj intimnih zakonskih zvez z močnejšim južnoindijskim kraljestvom, dokler te zakonske zveze niso nadomestile krajevne kraljeve linije. To je spodbudilo vdor dinastije Aryacakravarti kralja Kalinga Magha leta 1214, ki je ustanovil kraljestvo Džafna (1215-1624). Lokalna moč je prešla v roke kralja Pandjanske dinastije po invaziji kraljestva Džafna leta 1284, ki je svojo prestolnico preselila v Dambadeniyo. Polonnaruwa se je v tem kratkem obdobju pod Pandjo imenovala tudi Jananathamangalam.