Z marmorjem tlakovano notranje dvorišče, dodano v času Fatimidov. V ospredju sta dva mameluška minareta. Od leve proti desni, dvojno minaret Qansah al-Ghuri in minaret Qaytbay. Za kupolo je viden vrh minareta Aqbaghawiyya. Minaret v daljavi je zgradil Katkhuda.

Gradnja mošeje v novem mestu se je začela 4. aprila 970 pod Fatimidi. Mošeja je bila končana leta 972 in prva petkova molitev je bila v njej 22. junija 972 med Ramadanom.

Z imenovanjem 35 učencev v letu 989 se je mošeja počasi razvila v tisto, kar je danes druga največja neprekinjeno delujoča Univerza Al-Qarawiyīn na svetu. Univerza Al-Azhar je že dolgo priznana kot vodilna ustanova v islamskem svetu za študij sunitske teologije in šeriatskega islamskega prava. Univerza, vključena v mošejo od njenega začetka, je bila nacionalizirana leta 1961 in je po egiptovski revoluciji leta 1952 uradno imenovana za samostojno univerzo.

V svoji več kot tisočletni zgodovini je bila izmenično zanemarjena in spoštovana. Mošeja je bila prvič razširjena med vladanjem fatimidskega kalifa al Aziza (975-996). Tudi naslednji kalifi so dograjevali in preurejali stavbo. Leta 1005 je eden od kalifov obdaril al-Azhar s tisoči rokopisi, ki so bili podlaga za njeno zbirko. [1] Veliko rokopisov je bilo razpršenih po padcu Fatimidov na oblasti.

Prvotno ustanovljena kot ustanova Ismailcev, jo je prevzel Saladin leta 1171 in pod njegovo Ajubidsko dinastijo je bila mošeja zanemarjena; ukinili so njen status splošne mošeje in zavrnili štipendije za študente in učitelje v šoli. Dinastija Ajubidov je spodbujala poučevanje sunitske teologije v subvencioniranih medresah (šolah), zgrajenih po celotnem Kairu. Saladin je tudi ukazal odstranitev srebra iz mihraba, na katerem so bila vpisana imena fatimidskih kalifov. Kljub zanemarjanju pa je Saladin postavil enega od minaretov. V tem času je bila končana mnogo večja al-Hakimova mošeja in tam so v nadaljevanju potekale cerkvene molitve v Kairu. Al-Azhar je kljub vsemu ostal sedež arabske filologije in kraja učenja v tem obdobju, v mošeji so še vedno ponujali zasebne lekcije. Al-Azhar je sčasoma sprejel Saladinove izobraževalne reforme.

Stanje se je v času Mameluškega sultanata spremenilo in izboljšalo, pod čigarnjihovo vladavino so se zgodile številne razširitve in obnove objekta. Potres v letu 1302 je povzročil poškodbe al-Azharja in številnih drugih mošej po celotnem mameluškem ozemlju. Odgovornost za obnovo je bila razdeljena med emirje (kneze) sultanata in vodjo vojske Amir Salarja, ki je bil zadolžen za popravilo škode. Sedem let kasneje je bila na severozahodnem zidu mošeje zgrajena posebna šola medresa al-Aqbaghawiyya. Gradnja druge šole, medrese al-Taybarsiyya se je začela leta 1332-1333. Ta stavba, ki je bila dokončana v letih 1339-1340 in je vplivala tudi na strukturo mošeje. Obe medresi sta bili zgrajeni kot dopolnilni stavbi k al-Azhar, z ločenimi vhodi in molilnicami. Izboljšave in dodatke sta naredila sultana Qaytbay in Qansuh al-Ghuri, od katerih je vsak nadziral številna popravila in postavil minarete.

Čeprav je bila šola mošeje vodilna univerza v islamskem svetu in je ponovno dobila kraljevo pokroviteljstvo, ni presegla medres kot priljubljenega kraja izobraževanja med elito v Kairu. Do 14. stoletja je Al-Azhar dosegla vrhunsko mesto kot center za študij prava, teologije in arabskega jezika, ki je postala pojem za študente po vsem islamskem svetu.

Tudi Turki, ki so zasedli ozemlje leta 1517, so pokazali veliko spoštovanje do mošeje in njene šole. Sultan Selim I., prvi osmanski vladar Egipta, se je udeležil molitev v Al-Azhari, vendar ni podaril ničesar za vzdrževanje mošeje.

Kasnejši vladarji Egipta so kazali različno stopnjo spoštovanja do mošeje, od katerih je vsak zagotavljal različno finančno podporo za vzdrževanje šole in mošeje.

Francoski vojaki so na primer namerno oskrunili mošejo, hodili po njej s svojimi čevlji in kazali puške. Svoje konje so vezali na mihrab in pretepali študente in uničevali prostore in knjižnice, ter metali kopije Korana na tla. Marca 1800 je francoski generala Jeana Baptista Kléberja umoril Sulejman al-Halabi, študent na al-Azharju. Po atentatu je Napoleon odredil zaprtje mošeje; vrata so ostala privijačena, dokler ni avgusta 1801 prišla osmanska in britanska pomoč avgusta 1801.

Po umiku Francije je Muhammad Ali Paša spodbujal vzpostavitev sekularnega učenja, v učni načrt pa so bili sprejeti predmeti zgodovina, matematika in sodobna znanost. Do leta 1872 je bila pod vodstvom Jamāl al-Dīn al-Afghānīja dodana študijskemu programu tudi evropska filozofija.

Pod dinastijo Muhammada Alija so začeli mošejo in šolo obnavljati in preurejati tako notranjost kot zunanjost. Pod britansko okupacijo so leta 1872 uvedli vrsto reform, katerih namen je bil zagotoviti strukturo praks na področju zaposlovanja univerze in standardizirati preizkuse, ki jih opravijo učenci. Rokopisne naloge mošeje so bile zbrane v centralizirani knjižnici, izboljšane so bile sanitarije za učence in vzpostavljen reden sistem izpitov. Šola je pritegnila študente iz vsega sveta, vključno s študenti iz jugovzhodne Azije.

Po egiptovski revoluciji leta 1952 v kateri je bila ukinjena monarhija, se je univerza začela ločevati od mošeje. Številne stavbe, ki so obkrožale mošejo, so bile porušene, da bi do leta 1955 zagotovile prostor za sodoben kampus.

Glede na svojo zgodovino, mošeja Al-Azhar ostaja zelo vplivna institucija v egipčanski družbi in simbol islamskega Egipta.

Od 6. januarja 2014 mošeja al-Azhar ni več predmet ministrstva za verska vprašanja, temveč kot univerza Al-Azhar.