Natančen čas ustanovitve prvega naselja ni znan. Po nekaterih virih najstarejše naseljeno območje datira dve tisočletji nazaj, njegovo sedanje ime pa izhaja iz besede Dekatera (iz starih grških besed Deka + Thira, kar pomeni 'deset + vrata', verjetno iz števila vrat utrdbe).

 

Vhod v staro mestno jedro Kotorja z povojnim zapisom Titovih besed: »Tujega nočemo, svojega ne damo«.

Mesto, ki se prvič omenja leta 168 pred našim štetjem, ko je bilo naseljeno v antičnih rimskih časih, ko je bilo znano kot Acruvium, Ascrivium ali Ascruvium (starogrško: Ἀσκρήβιον) in je bilo del rimske province Dalmacije [1].

Mesto je bilo utrjeno že od zgodnjega srednjega veka, ko je cesar Justinijan I. leta 535 po izgonu Ostrogotov zgradil trdnjavo nad Ascriviumom. Ascrivium so Saraceni oropali leta 840. Nadalje ga je v 10. stoletju proti vrhu Svetega Ivana utrdil Konstantin VII. Porfirogenet. Bil je eno izmed vplivnejših dalmatinskih mestnih držav romaniziranih Ilirov v celotnem zgodnjem srednjem veku, do 11. stoletja pa se je v Kotorju še vedno govoril dalmatinski jezik. Mesto je bilo del bizantinske Dalmacije v tistem obdobju in moderno ime Kotor verjetno izvira v bizantinskem imenu mesta: Dekatera ali Dekaderon.

Leta 1002 je mesto utrpelo škodo pod okupacijo Prvega bolgarskega cesarstva, naslednje leto pa ga je car Samuel Bolgarski odstopil Duklji. Duklja, oziroma Dioklea, je bila takrat vazalno vojvodstvo Bizanca. Lokalno prebivalstvo se je paktu upiralo, izkoristilo zavezništvo z Dubrovnikom in ohranilo visoko avtonomijo. V tem času je majhno romanizirano ilirsko prebivalstvo Kotorja počasi asimiliralo pomembno slovansko prebivalstvo, ki je prihajalo iz sosednjih krajev. Duklja, največje srbsko vojvodstvo v tistem času, je pod rodbino Vojislavljevićev postopoma postajalo močnejše in se na koncu leta 1042 osamosvojilo od Bizanca. Mesto je ostalo avtonomno, dokler Duklje leta 1143 spet ni pokoril Bizanc.

Mesto je leta 1185 osvojil Štefan Nemanja, vladar Velike kneževine Srbije in ustanovitelj rodbine Nemanjićev. Kotor je bil takrat že sedež škofa, podrejen barski nadškofiji, v 13. stoletju pa sta bila ustanovljena dominikanski in frančiškanski samostana za preverjanje širjenja bogomilstva. Pod vladavino Nemanjićev je Kotor postal delno avtonomno mesto, uživalo je v številnih privilegijih in ohranilo svoje republikanske ustanove. To podpira statut iz leta 1301, ki dokazuje, da je imel Kotor status mesta pod oblastjo Srbije. V 14. stoletju je trgovina Cattaro (v latinščini; v srbščini Котор, град краљев/Kotor, kraljevo mesto), izenačilo z Dubrovniško republiko in povzročilo zavidanje Beneške republike. Kotor je bil do leta 1371 najpomembnejše trgovsko pristanišče kasnejših srbskih držav – Kraljevine Srbije in Srbskega cesarstva.

Po razpadu Srbskega cesarstva je mesto prevzela Ogrska, le da se je v obdobju med 1371–1384 oblast večkrat zamenjala z Beneško republiko. Med letoma 1384–1391 je Kotor zasedla Kraljevina Bosna pod Tvrtkom I. Kotromanićem. Bosanski kralj, ki je zahteval srbski prestol, je v Kotorju koval kovance.

Po smrti Tvrtka leta 1391 je Kotor postal popolnoma neodvisen, dokler uprava, previdna pred osmansko nevarnostjo, ni zaprosila Beneške republike za zaščito. Mesto je tako leta 1420 priznalo suzerenstvo Benečanov.

 

Beneška fortifikacija Kotorja, Unescova svetovna dediščina

Mesto je bilo od leta 1420 do 1797 del Beneške Albanije, province Beneške republike. Osmani so ga oblegali leta 1538 in 1657.

Štiri stoletja beneške prevlade so mestu prinesle značilno beneško arhitekturo, ki je prispevala k temu, da je Kotor postal Unescova svetovna dediščina [2].

V 14. in 15. stoletju so v Kotor začeli prihajati naseljenci iz Trebinjske pokrajine (regija okoli utrdb Klobuk Ledenica in Rudina) in iz Zahumja (Gacko in Dabar) [3]. Italijansko ime mesta je Càttaro. Pod beneško vladavino je Kotor leta 1538 in 1657 oblegalo Osmansko cesarstvo, leta 1572 ga je pretresla kuga, leta 1567 in 1667 pa skoraj uničil potres. Kratek čas so mestu vladali tudi Osmani.[4]

 

Napoleonov kovanec skovan leta 1813 v Kotorju

Po pogodbi iz Campa Formio leta 1797 je prešel v Habsburško monarhijo. Vendar je bil leta 1805 z bratislavskim mirom dodeljen podrejeni državi prvega Francoskega cesarstva, Napoleonskemu kraljestvu Italiji, čeprav ga je v resnici nadzorovala ruska eskadra pod poveljstvom Dmitrija Senjavinova. Ko so se Rusi umaknili, je bil Kotor leta 1806 združen z Napoleonovim Italijanskim kraljestvom in nato 1810 priključen Ilirskim provincam Francoskega cesarstva.

Kotor so Britanci zajeli v napadu na zaliv, ki ga je vodil komodor John Harper z HMS Saracen (18 topov). Za zaprtje Kotorja so prebivalci ob obali ladjo dobesedno potegnili z vrvmi. Posadka Saracena je pozneje vlekla topove nad trdnjavo sv. Ivana, trdnjavo v bližini Kotorja, okrepil pa jih je stotnik William Hoste s svojo ladjo HMS Bacchante (38 topov). Francoski garnizon ni imel druge možnosti, kot da se preda, kar je storil 5. januarja 1814.

Dunajski kongres je Kotor vrnil Habsburški monarhiji. Do leta 1918 je bilo mesto, tedaj imenovano Cattaro, sedež istoimenskega okrožja, enega od 13 Bezirkshauptmannschaften v kraljevini Dalmaciji [5].

V prvi svetovni vojni je bil Kotor eno glavnih oporišč avstro-ogrske mornarice in domovina avstrijske pete flote, ki so jo sestavljale bojne ladje in lahke križarke. Območje je bilo mesto najhujših bojev med lokalnimi črnogorskimi Slovani in Avstro-Ogrsko. Po letu 1918 je mesto postalo del Jugoslavije in uradno postalo znano kot Kotor.

Med letoma 1941 in 1943 je območje Kotorja pripojila Kraljevina Italija, in je postalo ena od treh provinc italijanskega governorata Dalmacija - provinca Cattaro[navedi vir]. Območje (razdeljeno v 15 Comuni) je obsegalo 547 km2 in imelo 39.800 prebivalcev. Večina prebivalcev mesta je bila pravoslavnih z nekaterimi rimokatoliki, bilo pa je 300 dalmatinskih Italijanov [6].