Vysokú synagógu (česky Vysoká synagóga) financoval Mordechaj Maisel a bola dokončená v roku 1568, v tom istom roku ako Židovské mesto. Hala. Pravdepodobne vznikla podľa vzoru Vysokej synagógy v Krakove, ktorá bola postavená v roku 1556 v Poľsku. Dom navrhol P. Roder v renesančnom slohu (vedúcim stavby bol majster Rada). Bol navrhnutý ako kazateľský priestor pre radcov židovskej radnice. V strede boli bima, obklopené sedadlami. Mordechaj Maisel dal synagóge kúsky Tóry a strieborné nástroje. Štukový strop mal gotickú rebrovú klenbu.

V roku 1689 ho zničil veľký požiar. Synagóga bola zrekonštruovaná.

V roku 1883 synagógu prestaval J. M. Wertmüller. Pri tejto úprave sa fasáda zjednodušila do moderného vzhľadu.

V roku 1907 bol východný vchod zatvorený a nový vchod bol vybudovaný smerom na Červenú ulicu (Červená ulice).

Ďalšie rekonštrukcie prebehli v rokoch 1961, 1974–79 a 1982.

Počas nacistickej a komunistickej nadvlády bola synagóga súčasťou Židovského múzea a nachádzala sa v nej výstava starých hebrejských kníh.